INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

SKU#B10140850

Panel oncologique validé permettant d’analyser 597 gènes de prédisposition au cancer essentiels à partir d’échantillons de biopsie tissulaire

INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE est le panel de gènes le plus complet qui existe proposant une détection optimisée des altérations génomiques spécifiques aux tumeurs. Le panel oncologique est optimisé pour les échantillons de tissu fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE) ou de tissu frais congelé dans le but de fournir des informations génomiques précises sur le statut des mutations pilotes cliniquement pertinentes. Ce panel de tumeurs solides couvre de manière homogène et reproductible les exons entiers d’environ 600 gènes de prédisposition au cancer caractérisés, y compris les activateurs de tumeurs, les suppresseurs de tumeurs et les biomarqueurs de chimiorésistance.

Caractéristiques d’INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Couverture très homogène de l’ensemble des exons de 597 gènes de prédisposition au cancer
  • Détection des réarrangements structuraux pertinents et des variations du nombre de copies (voir « Détails du produit ») 
  • Détection ultrasensible jusqu’à une fréquence allélique tumorale de 1 %
  • Protocoles exclusifs pour la préparation de banques à partir de tissu complexe et de tissu FFPE

Service Champ requis

INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Pré-séquençage

L'analyse bioinformatique

INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

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ISO9001 Certificate LOGO  ISO17025 Accreditation LOGO  Illumina Certified Service Provider LOGO 

Détails du produit

Service complet proposé par INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE comprenant :

  • Un panel de gènes de prédisposition au cancer pour séquençage nouvelle génération (NGS) validé et destiné à l’analyse des mutations tumorales essentielles de 597 gènes codant pour des protéines et des régions promoteurs sélectionnées
  • Une détection reproductible des polymorphismes nucléotidiques (SNP), des insertions et des délétions (Indels)
  • Une détection précise des fusions de gènes entre tous les gènes couverts + 20 fusions de gènes spécifiques du cancer supplémentaires
  • Un enrichissement ciblé très efficace mettant en œuvre la toute dernière technologie SureSelect d’Agilent
  • Un biais de PCR réduit grâce à la capture de cibles basée sur l’hybridation
  • Une couverture des séquences et une homogénéité n°1 du secteur 
  • Une détection des variantes avec une sensibilité allant jusqu’à 1 %
  • Des protocoles optimisés pour la préparation de banques à partir de tissu fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE) ou de tissu frais congelé
  • Une analyse bioinformatique professionnelle avec utilisation facultative du logiciel Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN
  • Une analyse des variations du nombre de copies (CNV) possibles*

*L’analyse CNV doit être réalisée dans l’analyse appariée tissu tumoral/tissu normal apparié utilisée à titre de référence. Dans le cas d’échantillons tumoraux FFPE veuillez expédier un échantillon de tissu sain FFPE provenant du même patient ou des échantillons tumoraux FFPE provenant d’au moins 7 autres patients.

Concernant le tissu frais congelé, veuillez expédier un échantillon du sang ou du tissu sain provenant du même patient ou d’expédier du tissu frais congelé provenant d’au moins 7 autres patients ou témoins. 

Matériel de départ accepté pour INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • ADN
  • Sang
  • Tissu fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE)
  • Tissu frais congelé

Technologie mise en œuvre pour INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Capture de cibles basée sur l’hybridation à l’aide de protocoles GATC optimisés et de la toute dernière technologie SureSelect d’Agilent
  • Séquençage nouvelle génération sur plateforme Illumina

Livrables d’INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Fichiers FastQ (séquences et scores de qualité)
  • Fichier d’alignement (bam)
  • Tableau des SNP et des indels comprenant les variants annotés et les effets (vcf, tsv, bed)
  • Tableaux des événements de gain de copie et de perte de copie (tsv)
  • Tableau des événements de fusion de gènes (tsv)
  • Rapport complet d'analyse de données (pdf)

Le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO).

Informations supplémentaires

INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE offre, en tant que panel oncologique le plus complet au monde, l’opportunité unique d’explorer des centaines de gènes de prédisposition au cancer connus à l’aide d’un seul panel. Les chercheurs cliniques peuvent à présent utiliser en toute confiance un test unique pour détecter de multiples mutations pilotes dans n’importe quel type de tumeur solide. Grâce à une stratégie fiable d’enrichissement ciblé et à des protocoles exclusifs, le panel de gènes ciblés permet l’analyse sensible des mutations actionnables dans environ 600 gènes de prédisposition au cancer. Ce service est le premier du genre à analyser les variantes structurelles et les CNV en plus des SNP et des Indels à partir d’échantillons de biopsie FFPE et tissulaire. Le panel oncologique peut être utilisé pour obtenir des informations importantes concernant les mutations pilotes clés dans le but de proposer un dépistage du cancer à la fois rapide, économique et fiable. 

Process from sample to analysis: INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Figure 1. Procédures et process INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Les applications caractéristiques d’INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE comprennent :

  • L’analyse comparative des données provenant de biopsies tissulaires et de biopsies liquides (GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE)
  • Le dépistage du cancer en détectant les mutations tumorales connues telles que les mutations pilotes 
  • La détermination des mutations les plus importantes pour d’autres études

INVIEW ONCOPANEL convient aux applications cliniques telles que :

  • La stratification moléculaire
  • La détection des gènes de résistance 
  • L'aide à la décision thérapeutique 
  • L'affectation des patients vers différents essais cliniques
  • Le suivi post-thérapeutique, notamment pour contrôler des mutations multiples

FAQs

1. Quels sont les types d’échantillons pouvant être analysés avec INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Pour INVIEW ONCOPANEL, nous acceptons des échantillons de sang, de tissu FFPE et de tissu frais congelé
Concernant l’analyse par biopsie liquide d’ADN acellulaire (cfDNA) isolé à partir de plasma sanguin, reportez-vous à notre solution GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE.

2. Comment se déroule l'enrichissement ciblé ?
Les gènes d’intérêt sont enrichis via des protocoles GATC exclusifs en utilisant la toute dernière solution SureSelect d’Agilent. La stratégie basée sur l’hybridation élimine tout biais de PCR et réduit le nombre de duplications par PCR. Cette méthode d’enrichissement ciblé éprouvée a été optimisée par GATC Biotech dans le but de développer des banques très complexes à partir de faibles quantités d’ADN et de fournir une couverture des séquences à la fois approfondie et homogène. Le séquençage nouvelle génération de la banque est effectué une fois les cibles capturées.

3. Quels types de mutations peuvent être détectés avec INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Ce service couvre totalement tous les exons d’environ 600 régions génomiques impliquées dans le développement du cancer, y compris les gènes codant pour des protéines, les régions promoteurs sélectionnées et les événements de fusion de gènes sélectionnés. Outre les SNP et les Indels, ce produit peut également détecter les CNV.

4. Quelle est la sensibilité du produit ?
La détection des SNP et des Indels affiche une sensibilité technique jusqu’à 1 %.

5. Quels types de contrôles qualité réalisez-vous ?
La qualité et la quantité de chaque échantillon sera déterminée à réception de celui-ci ou après extraction de l’ADN. D'autres contrôles qualité sont effectués à diverses étapes du processus.

6. Quelle différence y a-t-il entre INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE et GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Les deux tests proposent des services de détection des variantes du cancer d’après un panel oncologique validé. Les gènes interrogés et les altérations génomiques du panel sont les mêmes. De la même manière, les techniques employées pour ces deux produits se basent sur l’hybridation pour l’enrichissement ciblé et le séquençage nouvelle génération.

Ces deux produits diffèrent en termes de matériel de départ. INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE peut accepter du matériel provenant de sources habituelles tel que du tissu FFPE et du tissu frais congelé alors que GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE analyse le cfDNA extrait d’échantillons de plasma sanguin.

7. Puis-je comparer directement les résultats d’INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE et de GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Oui, ces deux services conviennent parfaitement aux études visant à comparer les performances des biopsies traditionnelles et celles des biopsies liquides.

8. Quels sont les limites de l’analyse CNV ?
Même avec des échantillons appariés (tissu tumoral et tissu normal ou sang provenant du même patient), l’analyse appariée peut être soumise à des restrictions. La variance de mesure sur cet échantillon de référence apparié unique sera supérieure à celle d’une référence composée de multiples échantillons de référence. Ceci pourrait générer un nombre modeste de détections de CNV (faux positifs) même dans les cas où les deux échantillons appariés sont réellement identiques en nombre de copies.

9. Les variantes dans mon échantillon seront-elles toutes détectées ?
L’hétérogénéité tumorale peut compliquer l’identification précise de l’ensemble des variations du nombre de copies pertinentes dans un échantillon donné. Même lorsque la tumeur proprement dite est homogène, toute contamination excessive avec des cellules normales dans un échantillon tumoral pourrait conduire à des différences de couverture trop petites pour être détectées, même avec les méthodes ultrasensibles de GATC Biotech.

10. Puis-je utiliser INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE à des fins diagnostiques ?
Le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO). Ce service est réalisé au sein d’un laboratoire accrédité ISO17025:2005 et certifié ISO13485:2016.

11. Comment obtenir mes résultats et sous quelle forme seront-ils expédiés ?
Tous les livrables peuvent être téléchargés via votre compte sécurisé myGATC.

12. Où dois-je envoyer mes échantillons ?
Veuillez les expédier à l'adresse suivante :
GATC Biotech AG
European Genome and Diagnostics Centre
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Constance
Allemagne

Merci de ne pas utiliser les points de collecte GATC pour expédier vos échantillons NextGen car cela retardera la livraison des échantillons à bon port !

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