INVIEW EPIGENOME BS-SEQ

SKU#B10140827

Étude des modifications épigénétiques dans le génome entier

INVIEW EPIGENOME BS-Seq est un service complet de séquençage du génome entier après traitement bisulfite. Ce produit combine le séquençage nouvelle génération (NGS) d'ADN traité avec du bisulfite et une analyse bioinformatique experte pour générer une caractérisation détaillée du méthylome entier de presque n'importe quel organisme d'intérêt.

Caractéristiques d'INVIEW EPIGENOME BS-Seq

  • Taux de conversion au bisulfite exceptionnellement élevé et résolution à l'échelle d'une base unique réelle
  • Flexibilité de la couverture de séquençage
  • Applicable à tous les organismes dont le génome renferme de la 5-méthylcytosine

 

 

 

Service Champ requis

INVIEW EPIGENOME BS-SEQ incl. 5 Gb raw data (2 x 150 bp)

Données supplémentaires

Pré-séquençage

L'analyse bioinformatique

INVIEW EPIGENOME BS-SEQ

INVIEW EPIGENOME BS-SEQ

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ISO9001 Certification - GATC BiotechISO17025 Accreditation - GATC BiotechIllumina Certified Service Provider Certificate

Détails du produit

Détails du produit

Cette solution complète proposée par INVIEW EPIGENOME BS-Seq comprend :

  • La détermination du statut de méthylation de la cytosine à l'échelle d'une base unique
  • Le traitement bisulfite avec un taux de conversion exceptionnellement élevé
  • La préparation optimisée de banques pour la technologie Illumina
  • Une analyse bioinformatique complète
  • Un traitement de qualité diagnostique sous accréditation officielle
  • Une livraison rapide des données prêtes à publier

Matériel de départ accepté pour INVIEW EPIGENOME BS-Seq

  • 2 µg d'ADN non amplifié de haute qualité (20 ng/µl)
  • Extraction de l'ADN disponible en option pour les échantillons tissulaires et les cellules

Merci de noter que seul le matériel classé S1 est accepté pour l'extraction d'ADN demandée en ligne. Pour plus d'informations sur la réglementation actuelle relative au classement du matériel biologique, cliquez ici. Merci de bien vouloir nous contacter pour plus d'informations concernant l'extraction d'ADN provenant de matériel classé S2.

Plateforme de séquençage employée pour INVIEW EPIGENOME BS-Seq

  • Illumina

Plateforme de séquençage employée pour INVIEW EPIGENOME BS-Seq

  • Lectures d'extrémités appariées (pair-ended) de 150 pb

Analyse bioinformatique incluse dans INVIEW EPIGENOME BS-Seq :

  • Disponible pour le génome humain, de souris ou de rat ; autres organismes sur demande
  • Évaluation qualitative des séquences et filtrage
  • Cartographie par rapport à une référence génomique et raffinage
  • Détection des SNP, y compris des variantes annotées
  • Établissement du profil de méthylation et annotation
  • Rapport complet d'analyse des données


Figure 1 : Pipeline d'analyse bioinformatique pour les procédures et process

Livrables INVIEW EPIGENOME BS-Seq – mode non comparatif

Alignement de génomes

  • Fichier d'alignement (BAM : Binary alignment map)
  • BAM indexé

Rapport de méthylation  

  • Taux de méthylation (tsv)
  • Courbes du taux de couverture et de méthylation (png)
  • Tableau de la méthylation des îlots CpG comprenant les variantes annotées et les effets (vcf|tsv)

Variantes – SNP

  • Format vcf (Variant Call Format)
  • Format tsv (Tab Separated table)

Livrables INVIEW EPIGENOME BS-Seq – mode comparatif
(à partir de 2 groupes)

Alignement de génomes

  • Fichier d'alignement (BAM : Binary alignment map)
  • BAM indexé

Rapport de méthylation  

  • Taux de méthylation (tsv)
  • Courbes du taux de couverture et de méthylation (png)
  • Tableau de la méthylation des îlots CpG (vcf|tsv)

Variantes – SNP

  • Format vcf (Variant Call Format)
  • Format tsv (Tab Separated table)

Analyse de la méthylation différentielle

  • Courbes de corrélation (png)
  • Courbes d'annotation (png)
  • Régions hyperméthylées et hypométhylées (tsv)

Délai de livraison

  • 25 jours pour 8 échantillon maximum ; au-delà de 8 échantillons : sur demande

Analyse bioinformatique en option pour INVIEW EPIGENOME BS-Seq

  • Paquets supplémentaires de données WGBS de 5 Go par échantillon sans incidence sur le délai de livraison

Informations supplémentaires

Le séquençage du génome entier après traitement bisulfite avec INVIEW EPIGENOME BS-Seq vous donne une image complète et précise de n'importe quel méthylome d'ADN. Ce procédé combine traitement bisulfite (figure 2) et séquençage à haut débit pour obtenir une résolution à l'échelle d'une base unique et une couverture pangénomique. INVIEW EPIGENOME BS-Seq peut s'appliquer à tous les eucaryotes dont le génome renferme de la 5-méthylcytosine, dès lors qu'une référence génomique est disponible.

Il a été démontré que les altérations au cœur des marqueurs épigénétiques sont associées à des maladies telles que le cancer, les troubles neurologiques et les anomalies du développement. Par conséquent, les modifications épigénétiques apparaissent comme d'importants biomarqueurs diagnostiques et pronostiques et comme des cibles thérapeutiques potentielles.

Les études sur la découverte des marqueurs épigénétiques et sur la régulation de l'expression des gènes peuvent largement tirer profit du séquençage pangénomique du méthylome entier après traitement bisulfite. En fournissant le statut de méthylation de la cytosine de tous les nucléotides d'un organisme d'intérêt selon une résolution à l'échelle d'une base unique, le séquençage après traitement bisulfite (BS-Seq) offre aux chercheurs l'occasion unique d'explorer les modifications épigénétiques de manière approfondie et avec davantage de certitude.

Schematic view of bisulfite conversion
Figure 2 : Procédures et process du séquençage après traitement bisulfite (BS-Seq)

Les applications spécifiques du BS-Seq comprennent :

  • Une cartographie épigénétique
  • La détermination de la fonction des marqueurs épigénétiques
  • L'exploration des mécanismes liés au vieillissement et à la maladie
  • L'analyse des interactions gènes-environnement
  • L'étude des méthylations aberrantes et de leur rôle dans certaines maladies comme le cancer
  • L'attribution d'une valeur pronostique aux profils de méthylation spécifiques qui indiquent certains sous-types de cancer

« GATC Biotech est un partenaire fiable délivrant des données de haute qualité pour nos études épigénétiques réalisées dans le cadre du programme FP7 EpiFemCare. »
Professeur Martin Widschwendter, Chef du Department of Women's Cancer (service de cancérologie féminine), UCL  

FAQs

1. Où puis-je recevoir mes résultats ?
Toutes les données brutes ainsi que les données analysées et assemblées peuvent être téléchargées via votre compte sécurisé myGATC. Vous pourrez visualiser une démo de rapport de données d'un projet de BS-Seq dans la section "Fichiers" ci-dessous.
 
2. Quelle couverture dois-je utiliser ?
Les résultats du séquençage peuvent varier en fonction de la composition du génome analysé et de l'organisme séquencé. Couverture moyenne du génome typiquement recommandée : 30x.  

3. Quel type de matériel de départ dois-je envoyer et en quelle quantité ?
Pour séquençage sur plateforme Illumina, nous avons besoin de 2 µg d'ADN de haute qualité non amplifié ni traité au bisulfite.
 
4. Garantissez-vous un certain rendement ?
Nous garantissons 20 millions de paires de lectures ( 10 %) avec un rendement de données brutes de 5 Go ( 10 %) par paquet.
 
5. Quels types de contrôles qualité réalisez-vous ?
La qualité et la quantité de chaque échantillon reçu seront déterminées par des méthodes appropriées. D'autres contrôles qualité sont effectués à diverses étapes du processus.

6. Avez-vous des exemples de joint ventures réussies ?
GATC Biotech est partenaire du projet EpiFemCare. Ce projet est en partie financé par le septième programme-cadre européen (FP7) avec pour but d'employer des méthodes épigénétiques afin d'améliorer le diagnostic et les mesures thérapeutiques pour les femmes atteintes d'un cancer du sein et d'un cancer de l'ovaire.
GATC Biotech gère le traitement d'échantillons, à savoir l'extraction de l'ADN à partir de sérum ou de tissus, le traitement bisulfite et la préparation de banques. Application de technologies de pointe en épigénétique, en séquençage à haut débit et en gestion des données dans le but de détecter en toute fiabilité les cancers et d'améliorer les traitements sur mesure.
 
Pour en savoir plus, cliquez ici or rendez-vous sur le site web du projet EpiFemCare.

7. Où dois-je envoyer mes échantillons ?
Veuillez les expédier à l'adresse suivante :
GATC Biotech AG
European Genome and Diagnostics Centre
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Constance
Allemagne
 
Merci de ne pas utiliser les points de collecte GATC pour expédier vos échantillons NextGen car cela retardera la livraison des échantillons à bon port !

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