INVIEW DE NOVO GENOME 2.0

SKU#B10140812

Un assemblage génomique révolutionnaire et rentable

INVIEW DE NOVO GENOME 2.0 convient au séquençage de nouveaux génomes jusqu'à 15 Mb. De meilleures performances grâce à la dernière technologie SMRT® sur système PacBio RS II permettent d'économiser jusqu'à 45 % sur le séquençage de novo des génomes de procaryotes ou de petits génomes d'eucaryotes. Ce produit facilite la génération et l'analyse bioinformatique de séquences de lecture ultra-longues, ce qui se traduit par un nombre réduit de contigs, un minimum de mauvais assemblages et, par conséquent, par des assemblages génomiques vraiment « (r)évolutionnaires ».

Caractéristiques d'INVIEW DE NOVO GENOME

  • Finalisation du génome, souvent avec un seul contig
  • Assemblage génomique complet par approche non hybride
  • Précision d'assemblage de 99,99 %
  • Aucun gap, malgré l'utilisation d'une seule banque de séquençage

Service Champ requis

Pré-séquençage

L'analyse bioinformatique

INVIEW DE NOVO GENOME 2.0

INVIEW DE NOVO GENOME 2.0

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ISO9001 Certification - GATC BiotechISO17025 Accreditation - GATC BiotechPacBio - Certified Service Provider

Détails du produit

Détails du produit

Cette solution complète proposée par INVIEW DE NOVO GENOME comprend :

  • Un séquençage génomique de novo précis basé sur des lectures de séquençage ultra-longues
  • Une préparation de banques avec sélection de la taille basée sur le système BluePippin
  • N50 exceptionnellement long
  • Un biais de séquençage minime
  • La résolution des séquences peu complexes
  • Une analyse bioinformatique qui réduit les erreurs durant la finalisation du génome reposant sur une approche appelée « processus hiérarchique d’assemblage génomique (HGAP : hierarchical genome-assembly process) »
  • Un processus perfectionné pour l'assemblage de génomes de procaryotes ou d'autres petits génomes
  • Applicable aux génomes de végétaux
  • La résolution du génome entier à très faible coût
  • L'annotation du génome (en option)
  • L'analyse des modifications des bases selon une résolution à l'échelle d'une base unique à partir du même groupe de données (en option)

Matériel de départ accepté pour INVIEW DE NOVO GENOME

  • Au moins 8 µg d'ADN double brin, purifié et de masse moléculaire élevée, sans ARN
  • Extraction de l'ADN à partir de sources diverses disponible en supplément

Merci de noter que seul le matériel classé S1 est accepté pour l'extraction d'ADN demandée en ligne. Pour plus d'informations sur la réglementation actuelle relative au classement du matériel biologique, cliquez ici. Merci de bien vouloir nous contacter pour plus d'informations concernant l'extraction d'ADN provenant de matériel classé S2.

Plateforme de séquençage employée pour INVIEW DE NOVO GENOME

  • PacBio (couverture moyenne du génome : 100x)

Analyse bioinformatique incluse dans INVIEW DE NOVO GENOME :

  • Filtrage qualitatif des lectures PacBio RS II
  • Amélioration des lectures longues PacBio RS II par alignement des lectures courtes (« sous-lectures »)
  • Assemblage de lectures longues de grande qualité
  • Correction de l'assemblage

Livrables INVIEW DE NOVO GENOME :

  • Données brutes PacBio (fastq, bas.h5, metadata.xml)
  • Séquence consensuelle de contigs assemblés (fasta)
  • Statistiques d'assemblage (pdf)

Délai de livraison en fonction de la taille du projet :

  • INVIEW De Novo Genome 2.0 : taille du génome < 5 Mb
    • 30 jours pour 8 échantillons maximum
    • 40 jours pour 9 à 24 échantillons maximum
    • Service express disponible :
      • 20 jours pour 8 échantillons maximum
      • 30 jours pour 9 à 24 échantillons maximum
  • INVIEW De Novo Genome 2.0 : taille du génome de 5,1 à 10 Mb
    • 35 jours pour 8 échantillons maximum
    • 45 jours pour 9 à 24 échantillons maximum
    • Service express disponible :
      • 30 jours pour 8 échantillons maximum
      • 35 jours pour 9 à 24 échantillons maximum
  • INVIEW De Novo Genome 2.0 : taille du génome de 10,1 à 15 Mb
    • 35 jours pour 8 échantillons maximum
    • 45 jours pour 9 à 24 échantillons maximum
    • Service express disponible :
      • 30 jours pour 8 échantillons maximum
      • 35 jours pour 9 à 24 échantillons maximum

Analyse bioinformatique supplémentaire en option pour INVIEW DE NOVO GENOME :

  • Annotation du génome :
    • Détection de gènes
    • Annotation fonctionnelle
    • Annotation du numéro EC
    • Annotation du numéro CAZy
    • Livrables :
      • Séquences annotées (format Excel et GenBank)
  • Analyse des modifications des bases :
    • Cartographie des lectures brutes par rapport aux contigs assemblés de novo
    • Analyse de la cinétique de la polymérase pendant le séquençage
    • Détection des bases potentiellement modifiées
    • Livrables :
      • Sous-lectures filtrées (fasta)
      • Fichier d’alignement (bam)
      • Rapport de couverture (bed)
      • Séquence consensuelle (fastq)
      • Tableau des modifications détectées (csv,gff)

Informations supplémentaires

Notre projet complet de séquençage simplifie et améliore l'efficacité de séquençage et d’assemblage du génome microbien, réduisant le coût et le temps nécessaires à la curation manuelle.  

L’analyse bioinformatique des séquences de lecture ultra-longues PacBio RS II repose sur un algorithme appelé « processus hiérarchique d’assemblage génomique (HGAP : hierarchical genome-assembly process) ». Ces nouveaux procédés et process utilisent des alignements multiples de toutes les lectures pour corriger les erreurs, rendant ainsi les lectures extrêmement précises. L'assemblage ainsi effectué offre une séquence génomique de novo très complète et précise dans laquelle même les longues régions de répétitions sont élucidées.  

INVIEW DE NOVO GENOME 2.0 offre également l’opportunité unique d’aller au-delà des informations codées dans la séquence d’ADN et d’obtenir des données épigénétiques supplémentaires. L'analyse des modifications peut être exécutée en même temps que le séquençage, permettant d’acquérir une compréhension encore plus poussée des processus fonctionnels et de la variabilité phénotypique d’un organisme.

Les applications types d'INVIEW DE NOVO GENOME comprennent :

  • La fermeture des gaps de séquence génomique pour obtenir des génomes totalement élucidés
  • La détection des variantes structurelles pour les études fonctionnelles
  • La détection des variantes liées passées sous silence par les lectures courtes
  • L'étude de la structure des chromosomes, des éléments répétitifs et des variations au sein des populations
  • La séparation de génomes individuels à partir d'un métagénome
  • L'exploration des voies métaboliques
  • La comparaison des génomes
  • L'amélioration des souches et l'augmentation du taux de production
  • L'analyse simultanée des marqueurs épigénétiques sans traitement bisulfite

FAQs

1. Où puis-je recevoir mes résultats ?
Toutes les données brutes ainsi que les données analysées et assemblées peuvent être téléchargées via votre compte sécurisé myGATC. Vous trouverez un exemple de données d'assemblage de novo de la souche DH1 d' E. coli dans la section "Fichiers".
 
2. Quelle couverture dois-je utiliser ?
Des tests internes ont montré qu'une couverture avoisinant 25 à 30x avec lectures PacBio RS II corrigées suffit à produire des assemblages génomiques de grande qualité. Cela correspond à une couverture des données brutes probable d'approximativement 100x. Les résultats de l'assemblage dépendent largement de la composition du génome analysé et peuvent varier d'un organisme à l'autre.
 
3. Quel type de matériel de départ dois-je envoyer et en quelle quantité ?
Pour le séquençage sur système PacBio RS II, il est crucial d'utiliser un ADN de grande qualité comme matériel de départ. L'utilisation d'un matériel de départ en trop faible quantité, dégradé, contaminé ou ayant subi d'autres dégâts peut se traduire par un rendement faible ou une mauvaise préparation de l'échantillon ; elle peut également compromettre la qualité et la quantité des résultats de séquençage. Pour des résultats optimaux, nous avons besoin d'au moins 8 µg d'ADN double brin, purifié et de masse moléculaire élevée, sans ARN (concentration approximative de 80 ng/µl ; DO 260/280 ≥1,8 ; DO 260/230 ≥2,0).
 
4. Garantissez-vous un certain rendement ?
Les données de séquence sont assemblées de novo en tenant compte de l'ensemble des informations de lecture et en faisant appel à des programmes et à des paramètres optimisés. Le nombre de séquences contiguës (contigs) qui peuvent être assemblées sans ambiguïté est fonction de la complexité (fréquence, longueur et distribution des régions hautement répétitives et doubles) du génome séquencé ainsi que de la qualité du matériel de départ fourni. Nous ne pouvons donc pas garantir un nombre minimal de contigs.
 
5. Quels types de contrôles qualité réalisez-vous ?
La qualité et la quantité de chaque échantillon reçu seront déterminées par des méthodes appropriées. D'autres contrôles qualité sont effectués à diverses étapes du processus.

6. Avez-vous des exemples de joint ventures réussies ?
INVIEW DE NOVO GENOME 2.0 a été mis en application pour le consortium KLEBSICURE, un projet de coopération entre GATC Biotech AG, l’Institut Max Planck pour la biologie infectieuse (Berlin, Allemagne) et l’Institut Ludwik Hirszfeld d’immunologie et de thérapie expérimentale (Wroclaw, Pologne), tous membres du consortium. Le consortium a été piloté par Arsanis Biosciences GmbH (Vienne, Autriche).
La combinaison unique du séquençage de novo et la détection des modifications des bases est utilisée pour étudier la virulence de l’agent pathogène, en vue de guider la génération d’une thérapie à base d’anticorps monoclonaux  et d’établir une méthode de test pour les diagnostics cliniques.
 
7. Où dois-je envoyer mes échantillons ?
Veuillez les expédier à l'adresse suivante :
GATC Biotech AG
European Genome and Diagnostics Centre
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Constance
Allemagne
 
Merci de ne pas utiliser les points de collecte GATC pour expédier vos échantillons NextGen car cela retardera la livraison des échantillons à bon port !

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