GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

SKU#B10161300

Détection fiable des mutations associées au cancer dans 597 gènes à partir de biopsies liquides

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE propose le test de panels de gènes de prédisposition au cancer à partir de biopsies liquides le plus complet au monde. Ce service couvre la totalité des exons d’environ 600 régions génomiques associées au cancer, y compris les gènes codant pour des protéines, les régions promoteurs sélectionnées et les événements de fusion de gènes. Ce service est le premier du genre à permettre la détection des variantes structurelles, y compris des variations du nombre de copies et des événements de fusion à partir de l’ADN tumoral circulant (ctDNA). La large couverture des altérations oncogéniques permet une recherche non invasive de presque tout type de tumeur. 

Caractéristiques de GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Dépistage du ctDNA isolé à partir de plasma sanguin pour identifier 597 gènes pilotes du cancer essentiels 
  • Capture efficace de l’ensemble des exons des gènes ciblés 
  • Analyse des variantes structurelles et des variations du nombre de copies (voir « Détails du produit »)
  • Couverture des séquences et homogénéité n°1 du secteur
  • Limite de quantification (LOQ) jusqu’à une fréquence allélique de 1 %

Service Champ requis

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Pré-séquençage Champ requis

Isolation d’ADN non cellulaire

L'analyse bioinformatique

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

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ISO9001 Certificate - GATC BiotechISO17025 Accreditation - GATC BiotechIllumina Certified Service Provider - GATC Biotech

Détails du produit

Service complet proposé par GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE comprenant :

  • L’analyse reproductible de l’ADN acellulaire (cfDNA) des exons entiers de 597 gènes codant pour des protéines et des régions promoteurs sélectionnées
  • Une caractérisation précise des polymorphismes nucléotidiques (SNP) et des insertions/délétions (Indels)
  • Une détection fiable des fusions de gènes entre les gènes couverts + 20 fusions de gènes spécifiques du cancer supplémentaires
  • Des protocoles exclusifs d’extraction du cfDNA et de préparation de banques à partir d’échantillons de plasma
  • Un enrichissement ciblé plus efficace grâce à des techniques d’hybridation optimisées avec la toute dernière solution SureSelect d’Agilent
  • Un dosage ultrasensible offrant une limite de détection inférieure jusqu’à une fréquence allélique tumorale de 1 %
  • Une analyse bioinformatique professionnelle complétée par la plateforme Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN
  • L’analyse des variations du nombre de copies (CNV) possibles*

*L’analyse CNV avec GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE doit s’effectuer avec un groupe témoin approprié. Nous vous recommandons d’utiliser des échantillons de plasma prélevés sur au moins 7 autres patients/individus afin d’identifier correctement les CNV somatiques dans un échantillon donné.

Matériel de départ accepté pour GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • 10 ml de sang 
  • 4 ml de plasma*
  • 15 ng d'ADN exempt de cellules déjà isolé (jusqu'à 30 µl / concentration> 0,5 ng / µl) 

* Veuillez si possible fournir une aliquote supplémentaire. Préparez le plasma suivant le protocole fourni (voir Fichiers). Expédiez le plasma dans de la carboglace. La décongélation du plasma entraînera la dégradation de l’ADN acellulaire (cfDNA). 

Technologie employée pour GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Capture des cibles basée sur l’hybridation grâce à des protocoles exclusifs et à la toute dernière technologie SureSelect d’Agilent
  • Séquençage nouvelle génération sur plateforme Illumina

Livrables de GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

  • Fichiers FastQ (séquences et scores de qualité)
  • Fichier d’alignement (bam)
  • Tableau des SNP et des indels comprenant les variants annotés et les effets (vcf, tsv, bed)
  • Tableaux des événements de gain de copie et de perte de copie (tsv)
  • Tableau des événements de fusion de gènes (tsv)
  • Rapport complet d'analyse de données (pdf)

Le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO).

Informations supplémentaires

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE propose la détermination la plus détaillée possible des profils de mutation tumorale à partir d’ADN acellulaire (cfDNA) plasmatique via un panel de gènes de prédisposition au cancer ciblés. Outil puissant et non invasif, ce panel de tumeurs permet une surveillance très fidèle et très sensible des mutations spécifiques du cancer. Le matériel analysé, à savoir le ctDNA, est décrit comme étant un biomarqueur spécifique et sensible de multiples cancers humains, ce qui permet de déterminer le profil moléculaire complet de la tumeur. Ce panel oncologique permet de détecter environ 600 régions génomiques cliniquement actionnables, y compris les gènes fréquemment mutés tels que BRAF, KRAS, EGFR, PIK3CA, HER2 et TP53. La couverture de ce panel de mutations rend le produit parfaitement adapté à l’analyse de presque tous les types de cancer, parmi lesquels le mélanome, le cancer de la vessie, le cancer de l’ovaire, le cancer du sein, le cancer colorectal, le cancer de la prostate, le cancer de la thyroïde, le cancer du rein, le cancer du foie et le cancer du poumon. 

Process from sample to analysis: GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Figure 1. Procédures et process GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE

Les applications caractéristiques de GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE comprennent :

  • Le dépistage non invasif des mutations tumorales cliniquement pertinentes 
  • La comparaison d’échantillons appariés provenant de biopsies tumorales et de biopsies liquides
  • La recherche des mécanismes de progression du cancer
  • La sélection de la mutation la plus pertinente pour des études de suivi avec GATCLIQUID ONCOTARGET

FAQs

1. Quels sont les types d’échantillons pouvant être analysés avec GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Pour GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE, nous acceptons du sang frais (dans des tubes pour prélèvements sanguins contenant un tampon stabilisateur pour isoler le cfDNA), des échantillons de plasma frais ou des échantillons de plasma conservés ainsi que l'ADN isolant déjà isolé.  Reportez-vous à notre fiche de préparation des échantillons. L’extraction du cfDNA s’effectue à partir de la fraction plasmatique du sang.
Concernant le matériel de départ comme l’ADN isolé à partir d’échantillons de tissu fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE) et de tissu frais congelé, reportez-vous à INVIEW ONCOPANEL ALL-IN-ONE, notre solution dédiée à la détermination du profil des tumeurs solides.

2. Quelle est la quantité de matériel de départ nécessaire ?
Nous recommandons de fournir 2 échantillons de sang de 10 ml. Le premier échantillon de sang de 10 ml est utilisé pour les tests tandis que le second pourra être conservé comme matériel de réserve. Concernant les échantillons de plasma, la quantité optimale est de 4 ml. Merci de noter que de plus petits volumes de plasma peuvent diminuer les performances et la sensibilité du test. Alternativement, nous acceptons 15 ng d'ADN exempt de cellules déjà isolé (jusqu'à 30 µl / concentration> 0,5 ng / µl). 

3. Comment se déroule l'enrichissement ciblé ?
Les gènes d’intérêt sont enrichis via des protocoles GATC exclusifs à l’aide de la toute dernière technologie d’hybridation SureSelect d’Agilent. Ce système d’enrichissement ciblé capture les cibles génomiques en utilisant des ARN appâts de 120 nt de long. La stratégie fondée sur l’hybridation facilite la déduction des duplications par PCR dans le test. Le protocole GATC exclusif permet la génération de banques très complexes, la couverture approfondie des régions d’intérêt et une meilleure homogénéité des séquences. Le séquençage nouvelle génération de la banque est effectué après l’enrichissement ciblé.

4. Quels types de mutations peuvent être détectés avec GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE ?
Ce produit interroge les exons d’environ 600 régions génomiques impliquées dans le développement du cancer. Il est ainsi possible de couvrir et d’analyser un nombre extrêmement important de mutations potentielles. Les aberrations génomiques détectées comprennent les SNP, les Indels, les CNV et les événements de fusion de gènes.

5. Quelle est la sensibilité du produit ?
La détection des SNP et des Indels affiche une sensibilité technique jusqu’à 1 %.

6. Quels types de contrôles qualité réalisez-vous ?
La qualité ainsi que la quantité de chaque échantillon sera déterminée à réception de celui-ci ou après extraction de l’ADN. D'autres contrôles qualité sont en outre effectués à diverses étapes du processus.

7. Parmi GATCLIQUID ONCOEXOME, ONCOPANEL ALL-IN-ONE et ONCOTARGET, lequel choisir ?
Ces trois tests peuvent être utilisés avec des échantillons de biopsie liquide (cfDNA). Ces trois produits constituent des outils puissants et non invasifs pour déterminer le profil de cancer.

GATCLIQUID ONCOEXOME est le premier service commercialisé pour le séquençage de l’exome entier (WES) du cfDNA. Il permet d’établir le profil détaillé de toutes les mutations présentes dans les régions codant pour des protéines de l’exome. Ce produit est adapté pour obtenir une vision détaillée de l’exome d’un patient cancéreux dans les cas où l’on dispose d’informations limitées sur les mutations cliniquement pertinentes.

GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE est un panel oncologique détaillé utilisant la technique NGS pour déterminer le profil des mutations importantes spécifiques aux tumeurs qui sont impliquées dans presque tous les types de cancer. Ce service fait appel à la technologie SureSelect d‘Agilent associée à un protocole GATC optimisé pour cibler environ 600 gènes de prédisposition au cancer connus, y compris les suppresseurs de tumeurs, les hotspots mutationnels et les marqueurs de chimiorésistance. Le panel est optimisé pour la couverture des séquences et l’homogénéité avec une sensibilité jusqu’à 1 %.

GATCLIQUID ONCOTARGET facilite la détection ultrasensible des mutations ponctuelles spécifiques du cancer cliniquement pertinentes, des insertions, des délétions et des fusions de gènes dans l’ADN acellulaire circulant jusqu’à une fréquence allélique tumorale de 0,1 %. Cette technique est adaptée au suivi thérapeutique car elle est suffisamment sensible pour détecter une récidive à un stade très précoce.

8. Puis-je utiliser GATCLIQUID ONCOPANEL ALL-IN-ONE à des fins diagnostiques ?
Le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO). Tous les échantillons sont traités conformément à l’accréditation ISO 17025:2005.

9. Quelles sont les limites de l’analyse CNV ?
Même en fournissant des échantillons témoins (échantillons de plasma prélevés sur au moins 7 autres patients/individus), l’approche par analyse CNV pourrait être soumise à des restrictions. La sensibilité et la spécificité du test vont dépendre du taux de CNV présentes et de la fraction tumorale.

10. Les variations du nombre de copies dans mon échantillon seront-elles toutes détectées ?
L’hétérogénéité tumorale peut compliquer l’identification précise de l’ensemble des variations du nombre de copies pertinentes dans un échantillon de plasma donné. De plus, toute contamination excessive avec de l’ADN de cellules normales pourrait conduire à des différences de couverture trop petites pour être détectées, même avec les méthodes ultrasensibles de GATC Biotech.

11. Où puis-je recevoir mes résultats ?
Tous les livrables peuvent être téléchargés via votre compte en ligne sécurisé myGATC.

12. Quel délai entre le prélèvement sanguin et l'envoi de l'échantillon ?
Nous recommandons d’envoyer l’échantillon de sang à GATC Biotech dans les 24 heures suivant la prise de sang. L'échantillon doit être conservé dans des tubes BCT Streck. La conservation et la livraison des échantillons de sang doivent s’effectuer à température ambiante. Les échantillons de plasma doivent quant à eux être envoyés dans de la carboglace.

13. Où dois-je envoyer mes échantillons ?
Veuillez les expédier à l'adresse suivante :
GATC Biotech AG
European Genome and Diagnostics Centre
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Constance
Allemagne

Merci de ne pas utiliser les points de collecte GATC pour expédier vos échantillons NextGen car cela retardera la livraison des échantillons à bon port !

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