GATCLIQUID ONCOEXOME

SKU#B10161000

Profil complet de l'ensemble des mutations présentes dans l'exome

GATCLIQUID ONCOEXOME est le premier service non invasif offrant aux chercheurs et aux cliniciens une vue d'ensemble de toutes les régions codant pour les protéines dans le génome d'un patient avec suspicion de cancer. Cet outil de séquençage de l'exome du cancer permet de découvrir les nouveaux variants, les mutations somatiques récurrentes ou fréquentes dans l'ADN tumoral circulant (ADNct) dans les cas où il n'existe que peu d'informations sur l'instabilité du génome associé à la tumeur.

Caractéristiques de GATCLIQUID ONCOEXOME

  • Analyse des mutations tumorales nouvelles et connues dans l'ADNct par séquençage nouvelle génération (NGS)
  • Protocoles optimisés pour l'extraction de faibles quantités d'ADNct plasmatique
  • Procédures et process exclusifs permettant d'obtenir des banques très complexes
  • Traitement expert des données avec l'application Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN

Service Champ requis

GATCLIQUID ONCOEXOME incl. 120 million read pairs and variant analysis

Pré-séquençage Champ requis

Isolation d’ADN non cellulaire

L'analyse bioinformatique

GATCLIQUID ONCOEXOME

GATCLIQUID ONCOEXOME

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ISO9001 Certificate - GATC BiotechISO17025 Accreditation - GATC BiotechIllumina Certified Service Provider - GATC Biotech

Détails du produit

Détails du produit

Solution complète proposée par GATCLIQUID ONCOEXOME comprenant

  • Le séquençage de l'ADN tumoral circulant (ADNct) dans le cas d'un exome tumoral
  • Des protocoles optimisés pour préparer des banques avec de faibles taux de duplication
  • L'enrichissement de l'exome avec plus de 23 000 gènes grâce à la plateforme SureSelect V6 d'Agilent
  • La détection des mutations avec une sensibilité aussi grande que 5 % selon le locus du gène
  • L'analyse des données de séquençage à haut débit effectuée avec Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN, l'application n°1 du secteur
  • Le processus entièrement réalisé selon la norme ISO 17025

Matériel de départ accepté pour GATCLIQUID ONCOEXOME

  • 4 ml d'échantillon de plasma
  • 15 ng d'ADN exempt de cellules déjà isolé (jusqu'à 30 µl / concentration> 0,5 ng / µl) 

Technologie de séquençage acceptée pour GATCLIQUID ONCOEXOME

  • Séquençage d'extrémités appariées 150 pb avec équipement Illumina

Analyse bioinformatique avec le logiciel Ingenuity® Variant Analysis

  • Identification plus rapide des variants pertinents en fonction du contenu biologique archivé issu de la banque Ingenuity Knowledge Base
  • Hiérarchisation des variants les plus prometteurs pour d'autres analyses

Livrables de GATCLIQUID ONCOEXOME

  • Fichier d’alignement (bam)
  • Tableau des SNP et des indels comprenant les variants annotés et les effets (vcf, tsv, bed)
  • Rapport complet d'analyse des données (pdf)

le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO).

Informations supplémentaires

Notre solution de diagnostic complète pour séquencer l'ADNct extrait de l'exome tumoral à partir de biopsies liquides propose aux cliniciens et aux chercheurs une assurance qualité des plus strictes tout au long du processus. Le produit comprend toute une gamme de services de préséquençage allant de l'extraction de l'ADNct à partir de petits volumes d'échantillon à la préparation de banques avec des taux de duplication réduits, en passant par un meilleur enrichissement d'exons et une couverture homogène assurée par la toute dernière technologie SureSelect d'Agilent.

Le séquençage nouvelle génération se déroule dans des conditions diagnostiques et l'analyse bioinformatique est réalisée avec Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN, l'application n°1 du secteur.

ONCOEXOME - workflow
Figure 1. Procédures et process GATCLIQUID ONCOEXOME

Les applications types de GATCLIQUID ONCOEXOME comprennent :

  • Analyse de l'ADNct plasmatique d'exome tumoral par test sanguin non invasif dans les cas où une biopsie tissulaire n'est pas faisable ou déconseillée.
  • Examen de toutes les mutations dans les régions codantes d'un patient avec suspicion de cancer 
  • Établissement du profil de cancer dans les cas où l'on ne dispose que d'informations limitées sur les mutations associées à la tumeur
  • Identification des variantes structurelles ainsi que des altérations génomiques nouvelles et communes
  • Comparaison des exomes à partir d'échantillons issus de biopsies tissulaires et de biopsies liquides 
  • Sélection des mutations en vue d'autres analyses

GATCLIQUID ONCOEXOME peut être utilisé pour des applications cliniques telles que :

  • L'établissement du profil moléculaire de base de la carcinomatose 
  • La confirmation d'un diagnostic conventionnel

Le produit est disponible uniquement à des fins de recherche (RUO).

 

 

FAQs

1. Quels types d'échantillons peuvent être traités avec GATCLIQUID ONCOEXOME ?
Concernant ONCOEXOME, nous acceptons des échantillons de plasma frais ou conservés ainsi que l'ADN isolant déjà isolé. Merci de bien vouloir consulter notre fiche de préparation des échantillons GATCLIQUID L'ADNct est extrait d'une fraction de plasma sanguin (voir "Fichiers"). 

Pour du matériel de départ tel que de l'ADN extrait à partir d'échantillons FFPE et tissulaires, voir notre produit INVIEW HUMAN EXOME.

2. Quelle est la quantité de matériel de départ nécessaire ?
Nous avons généralement besoin soit 4 mL de plasma, soit 15 ng d'ADN exempt de cellules déjà isolées (jusqu'à 30 µl / concentration> 0,5 ng / µl).

3. Quels sont les services de préséquençage disponibles ?
ONCOEXOME est une solution incluant plusieurs services de préséquençage . Ces services comprennent l'extraction de l'ADNct à partir de plasma et la préparation de banques très complexes avec de faibles taux de duplication. Le ciblage des exons est réalisé sur plateforme SureSelect d'Agilent offrant un meilleur enrichissement d'exons et une couverture homogène.

4. Quelle couverture de séquençage dois-je utiliser ?
La couverture requise dépend de la sensibilité exigée pour la détection des variants. Vous pouvez choisir la couverture de séquençage répondant le mieux aux objectifs de vos projets individuels.
Nous recommandons une couverture type de 100x d'après l'expérience obtenue en analysant de l'ADN acellulaire issu de plus de 40 000 échantillons à ce jour.

5. Quels types de contrôles qualité réalisez-vous ?
La qualité et la quantité de chaque échantillon seront déterminées à réception de l'échantillon. D'autres contrôles qualité sont effectués à diverses étapes du processus.

6. Comment choisir entre ONCOEXOME, ONCOPANEL et ONCOTARGET ?
Ces trois tests sont tous basés sur la biopsie liquide. Ces trois produits servent d'outils non invasifs performants pour établir le profil en temps réel du cancer avec possibilité d'appréhender toute l'hétérogénéité de la maladie.

GATCLIQUID ONCOEXOME est le premier service disponible dans le commerce pour le séquençage de l'exome (WES) de l'ADNct. Grâce à ce service, vous pouvez obtenir un profil global de toutes les mutations présentes dans les régions codant pour les protéines du génome. Ce produit est adapté à l'analyse préliminaire du génome d'un patient avec suspicion de cancer dans les cas où il existe peu d'informations concernant les mutations cliniquement pertinentes.

GATCLIQUID ONCOPANEL est une solution NGS complète permettant d'établir le profil des mutations cancéreuses importantes. Elle fait appel à une PCR d'une seule molécule pour cibler 50 gènes du cancer connus y compris les suppresseurs de tumeurs, les hot-spots mutationnels et les marqueurs de chimiorésistance. Cette solution fait figure de nouvelle référence dans le domaine de la couverture des séquences, avec une sensibilité d'environ 1 %.

GATCLIQUID ONCOTARGET facilite la détection ultra sensible des mutations ponctuelles spécifiques du cancer cliniquement pertinentes, des insertions, des délétions et des fusions de gènes dans l'ADN tumoral circulant jusqu'à une fréquence allélique de 0,1 %. Cette technique est adaptée au suivi thérapeutique car elle est suffisamment sensible pour détecter une récidive à un stade très précoce.

7. Comment obtenir mes résultats et sous quelle forme seront-ils expédiés ?
Tous les livrables peuvent être téléchargés via votre compte sécurisé myGATC.

8. Quel délai entre le prélèvement sanguin et l'envoi de l'échantillon ?
Les échantillons de sang doivent être envoyés à GATC Biotech dans les 24 heures suivant le prélèvement. L'échantillon doit être conservé dans des tubes BCT Streck. Les échantillons peuvent être conservés et expédiés à température ambiante. Les échantillons de plasma doivent quant à eux être envoyés dans de la carboglace.

9. Combien d'échantillons puis-je envoyer ?
GATC Biotech accepte n'importe quel nombre d'échantillons par multiples de 4.

10. Où dois-je envoyer mes échantillons ?
Veuillez les expédier à l'adresse suivante :
GATC Biotech AG
European Genome and Diagnostics Centre
Jakob-Stadler-Platz 7
78467 Constance

Merci de ne pas utiliser les points de collecte GATC pour expédier vos échantillons NextGen car cela retardera la livraison des échantillons à bon port !

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