SÉQUENÇAGE DES PETITS ARN

SÉQUENÇAGE DES PETITS ARN

Présentation - Qu'est-ce que le Small RNA-Seq ?

Le séquençage des petits ARN est employé pour établir le profil des petits ARN sur l'ensemble du transcriptome, ainsi que pour identifier et analyser de nouveaux microARN (miARN) et de nouvelles isoformes de miARN (isomiR). Le séquençage des petits ARN est une approche de séquençage de l'ARN ciblant les petits ARN en tant que matériel de départ. Ces petits ARN non codants contiennent des éléments régulateurs importants tels que les miARN, siARN et piARN. Les petits ARN remplissent des fonctions importantes dans des processus cellulaires telles que la régulation épigénétique médiée par l'ARN de l'expression des gènes, la croissance cellulaire, la différenciation et l'apoptose. Les miARN sont notamment des modulateurs bien étudiés de l'expression des protéines par le biais de mécanismes régulateurs post-transcriptionnels. Les mécanismes d'expression anormale des miARN étant fortement corrélés à des maladies comme le cancer, le séquençage des miARN (miRNA-seq) est un outil doté d'un intérêt diagnostique et pronostique considérable.

Applications – Quels sont les avantages du small RNA-seq ?

L'approche du séquençage à haut débit (NGS) pour déterminer le profil des petits ARN offre les avantages majeurs suivants :

  • un profil de tous les petits ARN et miARN dans le transcriptome
  • l'analyse de l'ensemble des ARN non codants sans informations préalables sur les séquences
  • l'identification de nouveaux petits ARN
  • la caractérisation des isoformes de miARN et leurs effets sur l'expression des gènes
  • l'analyse de l'expression différentielle spécifique aux tissus des petits ARN
  • la découverte de nouveaux biomarqueurs (découverte de miARN) pour le cancer ou d'autres maladies

Procédures et process - Méthodes & technologies de small RNA-seq

Contrairement au séquençage de l'ARNm et de l'ARN entier, le séquençage des petits ARN n'enrichit que les ARN et miARN avec de petits nucléotides. Les cibles de petits ARN sont enrichies par sélection de taille à l'aide de gels d'exclusion stérique ou de kits disponibles dans le commerce. Une fois le petit ARN isolé, des lieurs sont ajoutés aux extrémités puis l'ARN est purifié. Cet ARN est soumis à une transcriptase inverse pour donner de l'ADNc qui est ensuite traité par des procédures standards de séquençage d'ARN.

Expertise scientifique : Séquençage de l'ARN (RNA-seq)

Afin d'encourager l'intérêt croissant de la recherche pour les petits ARN non codants, GATC Biotech a développé des procédures et process spécialisés dédiés au séquençage des petits ARN. Grâce à sa technique de NGS parfaitement optimisée pour les petits ARN et les microARN, GATC Biotech propose une approche à la fois simple et précise permettant d'identifier et de déterminer le profil des ARN de petite taille. 

Publications

Cliquez ici pour obtenir une liste d'articles scientifiques choisis en lien avec les solutions de séquençage de GATC Biotech, y compris des articles sur la transcriptomique.

Solutions relatives au séquençage des petits ARN

Souhaitez-vous affiner vos recherches sur les petits ARN grâce au séquençage à haut débit ? GATC Biotech propose le séquençage des petits ARN (lien) dans le but de découvrir de nouveaux miARN et isomiR, d'établir le profil des petits ARN et d'analyser de manière approfondie la régulation post-transcriptionnelle. Profitez d'un service clé en main simple et fiable proposant l'isolement et la sélection par taille de l'ARN, la préparation de banques, le séquençage sur plateforme Illumina de prédilection et une analyse bioinformatique experte des données. 

Découvrez comment notre solution INVIEW TRANSCRIPTOME peut vous aider à faire évoluer votre projet de séquençage du transcriptome ou contactez-nous pour plus d'informations.

Vous voulez mieux connaître la diversité des isoformes dans votre échantillon ? Profitez donc de notre nouveau service INVIEW TRANSCRIPTOME ISOFORM DISCOVER dédié au séquençage des transcrits longs et découvrez les isoformes, de nouveaux gènes ou les fusions de gènes chez les procaryotes et les eucaryotes. Si les autres mécanismes épigénétiques de la régulation des gènes vous intéressent, découvrez notre solution INVIEW EPIGENOME ou contactez-nous pour toute question.

Autres documents à lire concernant le séquençage des petits ARN

Zhou, L., Li, X., Liu, Q, Zhao, F., Wu, J. Small RNA transcriptome investigation based on next-generation sequencing technology. J Genet Genomics. 38(11):505-13 (2011).

McCormick, K.P., Willmann, M.R., Meyers, B.C. Experimental design, preprocessing, normalization and differential expression analysis of small RNA sequencing experiments. Silence. 2(1):2 (2011).