ENRICHISSEMENT D'EXOME

SÉQUENÇAGE DE L'EXOME ENTIER

Présentation – Introduction au séquençage de l'exome

Le séquençage de l'exome est utilisé pour détecter efficacement les variantes nucléotidiques simples (SNV) communes dans un large éventail d'applications. Parmi ces applications, on compte les études concernant la population, la recherche translationnelle et le cancer ainsi que l'identification des variants génétiques rares supposés être à l'origine de maladies génétiques complexes comme les maladies mendéliennes.

Le séquençage de l'exome a rapidement conquis son public et son utilisation se généralise actuellement plus vite que toute autre méthode de séquençage ciblé. Le séquençage de la partie du génome qui code pour les protéines permet aux chercheurs de se concentrer uniquement sur les gènes dans lesquels de nombreuses variations pathogènes ont été localisées. Cette technique génère moins de données que les approches analysant le génome entier, ce qui permet une gestion simplifiée de ces données tout en optimisant les avantages en termes de rapport quantité d'informations/ressources, de délais d'exécution et de coût.

De l'ADN à la protéine: la distribution de l'exon par rapport introns

Notre longue expérience et notre participation active à de nombreux projets de recherche publics reconnus ont permis à GATC Biotech d'asseoir ses compétences dans le domaine du séquençage de l'exome. Nous avons développé des normes de production exclusive et entièrement automatisée propres à GATC pour banques d'enrichissement permettant d'optimiser la couverture équilibrée des cibles. Tous les services de séquençage nouvelle génération de GATC Biotech, y compris le séquençage de l'exome, sont accrédités ISO 17025 pour générer des données de séquençage précises destinées au diagnostic moléculaire. 

Applications – Avantages du séquençage de l'exome

Le séquençage de l'exome est la solution idéale si vous souhaitez :

  • cibler les variations et les mutations dans les régions codant pour les protéines
  • obtenir une couverture approfondie des exons
  • vous concentrer sur les gènes les plus susceptibles d'intervenir dans les mutations affectant le phénotype.
  • analyser les variants rares et déterminer les variations de l'ensemble des régions codantes sans aucun biais 
  • améliorer l'interprétabilité et la valeur diagnostique des résultats du séquençage
  • analyser un grand nombre d'échantillons avec des temps d'exécution rapides 
  • réduire les ressources en matière de traitement, de gestion et d'analyse des données

Séquençage de l'exome en oncologie

Chaque tumeur renferme un cocktail de mutations germinales ou héréditaires ainsi que des altérations somatiques qui sont des aberrations génomiques spécifiques aux tumeurs. Alors qu'il est possible d'utiliser certaines mutations germinales pour évaluer le risque de développement d'un cancer chez des individus prédisposés, les variants somatiques sont quant à eux typiquement considérés comme des cibles thérapeutiques potentielles. 

Le séquençage de l'exome pour de l'ADN provenant uniquement de tumeurs identifie typiquement à la fois les mutations germinales et somatiques. Les mutations germinales n'ont aucune pertinence clinique puisqu'on les retrouve à la fois dans le tissu sain et le tissu cancéreux. Il est important de savoir que les mutations germinales mal identifiées en tant que mutations somatiques pourraient amener les professionnels de santé à choisir de mauvaises stratégies thérapeutiques qui n'apportent aucun bénéfice au patient en termes de santé et qui font gonfler inutilement la facture des soins. En parallèle, une fausse caractérisation des mutations somatiques en tant que mutations germinales pourrait amener les médecins à écarter des options thérapeutiques viables.

GATC Biotech tente d'éviter les conséquences engendrées par des informations génétiques mal interprétées en proposant le séquençage d'ADN isolé à la fois à partir de tissu tumoral et à partir de tissu sain prélevés sur le même patient. Une analyse concordante après séquençage du tissu tumoral et du tissu sain permet d'identifier précisément les mutations germinales et de les exclure des aberrations somatiques. Filtrer les variants non liés au cancer permet d'identifier et d'interpréter avec précision les altérations génétiques, ce qui donne aux médecins plus d'assurance au moment de déterminer le protocole thérapeutique le plus adapté à chaque type de cancer.

Procédures et process – Méthodes et techniques de séquençage des exomes

L'application de procédés et process de préparation de banques simplifiés faisant appel à un protocole optimisé associé aux dernières techniques d'enrichissement produit une structure de banques fiable et rentable et améliore la couverture des régions difficiles à enrichir. GATC Biotech réalise l'enrichissement ciblé via un marquage post-capture suivi du séquençage par technologie Illumina. Les options de multiplexage permettent de traiter en parallèle un grand nombre d'échantillons - scalabilité par multiples de 30 suivant la couverture de séquençage requise. Le séquençage d'exome de GATC Biotech se déroule selon les normes relatives au diagnostic (ISO 17025). 

GATC Biotech propose de plus à ses clients une solution de séquençage d'exome complète clé en main qui optimise la flexibilité et la praticité et qui s'occupe de tout, de la préparation des banques au rapport de données détaillé, en passant par l'analyse de ces données. Des services de préséquençage étendus viennent compléter notre portefeuille de solutions. 

Description of capture process - Target enrichment

Expertise scientifique : séquençage de l'exome

GATC Biotech coopère avec certaines des institutions les plus réputées en matière de recherche et de diagnostic du cancer, y compris avec le Centre allemand de recherche sur le cancer (DKFZ) et le Centre de traitement oncologique (NCT) de Heidelberg. Depuis 2006, nous avons pris part à de nombreux projets de recherche collaborative sur le séquençage de l'exome au cours desquels nous avons séquencé un nombre significatif d'exomes humains et nous avons largement gagné en expérience dans les domaines de la capture, de l'enrichissement, du séquençage et de l'analyse des exons humains. 

Vous trouverez ici un extrait de notre engagement dans plusieurs projets publics de recherche collaborative.

Publications

Cliquez ici pour obtenir une liste d'articles scientifiques choisis en lien avec les solutions de séquençage de GATC Biotech, ainsi que les toutes dernières publications concernant le séquençage de l'exome.

Solutions relatives au séquençage de l'exome

Vous voulez démarrer votre propre projet de séquençage de l'exome entier ? Notre solutions INVIEW EXOME est incontournable pour analyser l'exome ! Du traitement des échantillons à l'analyse bioinformatique en passant par le séquençage, ce service complet propose une excellente couverture des exons (régions codant pour les protéines) du génome humain. Les toutes dernières techniques Agilent SureSelect d'enrichissement ciblé s'allient de manière simple et flexible à notre expertise du séquençage de l'ADN ainsi qu'à l'application Ingenuity Variant Analysis de QIAGEN pour l'analyse approfondie des données. Recevez un rapport final détaillé de l'analyse des données GATC en seulement deux semaines et faites passer instantanément vos recherches à la vitesse supérieure !

Les exons humains ne représentent que 1 % environ du génome total. Malgré ce petit nombre d'exons, ces régions codant pour les protéines renferment environ 85 % des mutations associées aux pathologies humaines. Concentrer la puissance de séquençage sur l'exome permet d'obtenir un haut rendement des variants génétiques pertinents qui peuvent aider à déterminer la base moléculaire de pathologies complexes. 

Avez-vous déjà pensé au séquençage nouvelle génération pour caractériser génétiquement une pathologie en particulier ? Alors INVIEW HUMAN EXOME est fait pour vous ! Il s'agit d'une solution tout-en-un comprenant l'extraction de l'ADN, la préparation de banques, le séquençage et l'analyse bioinformatique, le tout livré seulement sous deux semaines. Profitez d'une solution fiable, très sensible et spécifique pour détecter les mutations génétiques déjà connues responsables de pathologies humaines ou bien pour déceler de nouveaux gènes causaux en comparant des exomes individuels.  

Autres documents à lire concernant le séquençage de l'exome

Tetreault M., Bareke E., Nadaf J., Alirezaie N, Majewski J. Whole-exome sequencing as a diagnostic tool: current challenges and future opportunities. Expert Rev Mol Diagn. 15 (6): 749-60 (2015).

Rabbani B., Tekin M., Mahdieh N. The promise of whole-exome sequencing in medical genetics. J Hum Genet 59(1): 5-15 (2014).