AMPLICONS

SÉQUENÇAGE D’AMPLICONS

Présentation – Qu'est-ce que le séquençage d'amplicons ?

Les amplicons sont des fragments d'ADN amplifiés par réaction en chaîne par polymérase (PCR). Le terme d'amplicon est souvent employé de manière interchangeable avec « produit PCR ». Il est possible de recourir au séquençage à haut débit (NGS) afin d'obtenir la séquence d'un fragment de PCR ciblant une région génomique spécifique. Dans le séquençage NGS des amplicons, ces derniers sont générés par PCR, poolés puis finalement séquencés. Étant donné que le séquençage ciblé à haut débit permet une excellente couverture d'une région d'intérêt spécifique, le séquençage d'amplicons offre une détection très sensible des variants. Le procédé permet le multiplexage des échantillons dans lesquels il est possible de déterminer des centaines de séquences de fragments de PCR en même temps. Ces aptitudes au multiplexage ont rendu le séquençage d'amplicons efficace pour couvrir des régions génomiques étendues. Le séquençage d'amplicons permet également de mieux gérer l'interprétation des données au cours du processus en aval comparativement à l'analyse des données consécutive au séquençage du génome entier. 

Procédures et process du séquençage d'amplicons

Le séquençage d'amplicons est particulièrement utile pour le ciblage du génome et la détection des mutations hot spot, des variations de nombre de copies, des fusions de gènes, des indels et des polymorphismes nucléotidiques (SNP). Grâce à ses nombreux usages, le séquençage d'amplicons peut s'appliquer à des disciplines aussi diverses que la nutrition, la métagénomique bactérienne, l'édition génétique et la recherche clinique. 

Applications – Quels sont les avantages du séquençage d'amplicons ?

Le séquençage d'amplicons est la technique idéale pour les applications suivantes :

  • détection des variants génétiques rares
  • analyse des variations de phase
  • caractérisation haplotypique des régions immunitaires complexes
  • identification des mutations somatiques dans des échantillons complexes
  • classification taxonomique des micro-organismes
  • validation et suivi des études portant sur le séquençage du génome entier 
  • édition génétique

Procédures et process – Méthodes et techniques de séquençage des amplicons

Le séquençage d'amplicons nouvelle génération emploie souvent des méthodes basées sur la PCR avec des amorces ciblant de nombreux gènes d'intérêt en même temps. Les jeux d'amorces flanquant les régions d'ADN cibles renferment typiquement des séquences adaptateurs et code-barres afin de préparer directement les produits d'amplification obtenus pour le séquençage à haut débit. 

Séquençage Sanger vs. séquençage ciblé basé sur le NGS

Le séquençage des amplicons implique l'un ou l'autre des séquençages Sanger ou à haut débit. Ces deux techniques présentent chacune leurs avantages et leurs inconvénients. La méthode choisie dépend typiquement de la taille de l'étude de séquençage ciblé.

Dans le cas du Sanger, les lectures de séquençage obtenues sont une moyenne de tout l'ADN présent dans le mélange PCR. Le séquençage Sanger est notamment utile pour confirmer les résultats de projets de séquençage d'amplicons plus importants. 

Les approches NGS du séquençage ciblé permettent de réaliser le séquençage multiplexé simultané de milliers d'amplicons. Afin d'atteindre des objectifs de recherche nécessitant de cibler des centaines de gènes à la fois, le séquençage d'amplicons nouvelle génération permet un débit rapide et rentable par run. 

Expertise scientifique : séquençage d'amplicons

GATC Biotech propose plusieurs prestations axées sur le séquençage nouvelle génération pour traiter les amplicons qui ont déjà été adoptées par de nombreux chercheurs.

GATC Biotech propose des services de séquençage d'amplicons spécialisés dans le ciblage des exons pour détecter les variations dans l'exome humain ou dans le séquençage du gène de l'ARNr 16S pour analyser le microbiome. Notre séquençage Sanger peut également convenir aux projets de recherche portant sur un nombre restreint d'échantillons et de sites cibles. 

Publications

Cliquez ici pour obtenir une liste d'articles scientifiques choisis en lien avec les solutions de séquençage de GATC Biotech, ainsi que les toutes dernières publications concernant le séquençage ciblé.

Solutions relatives au séquençage d'amplicons

Intéressé(e) par l'approche NGS pour réaliser votre séquençage ciblé ? Venez découvrir nos solutions tout-en-un dédiées au séquençage d'amplicons. Toutes nos solutions proposent l'isolement de l'ADN, l'établissement d'une PCR, le séquençage sur l'une ou l'autre des meilleures plates-formes Illumina ou PacBio, une analyse bioinformatique et un rapport d'analyse des données GATC de tous les résultats sous différents formats et accompagnés de leurs explications.

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Autres documents à lire concernant le séquençage d'amplicons

For further information on NGS targeted sequencing, try the following reviews:

Murray, D.C., Coghlan, M.L., Bunce, M. From benchtop to desktop: important considerations when designing amplicon sequencing workflows. PLoS One 10(4):e0124671 (2015).

Han, S.W. et al. Targeted sequencing of cancer-related genes in colorectal cancer using next-generation sequencing. PLoS One. 8(5):e64271 (2013).