SÉQUENÇAGE CIBLÉ

SÉQUENÇAGE CIBLÉ

Présentation – Introduction au séquençage ciblé

Nos services de reséquençage ciblé font appel au séquençage à haut débit seconde génération (NGS) pour analyser rapidement les régions génomiques d'intérêt dans un nombre significatif d'échantillons. Cette technique se prête donc parfaitement aux études de populations, à l'identification et à la confirmation des SNP et des indels ainsi qu'à la détection des variants rares. GATC Biotech propose une gestion des projets complète et continue comprenant un séquençage standard ou des solutions sur mesure et des analyses de données complémentaires.

Applications – Avantages du séquençage ciblé

Le séquençage ciblé est parfait pour :

  • le ciblage des régions spécifiques d'intérêt
  • l'analyse ciblée des gènes microbiens
  • la détection des variants rares, du contenu ciblé des séquences de plusieurs échantillons avec utilisation en parallèle du multiplexage 
  • l'obtention d'une couverture complète tout en générant cependant un nombre de données plus raisonnable 
  • l'identification de variants causatifs comme les SNP et les indels dans plusieurs régions génomiques
  • Plus d'échantillons traités plus rapidement

Procédures et process – Méthodes et techniques de séquençage ciblé

Le reséquençage ciblé est un NGS à haut débit plus rapide pour identifier les mutations causatives dans un contenu ciblé chez des populations en isolant et en séquençant des régions cibles du génome à partir d'une banque d'échantillons.

Procédures et process du séquençage ciblé

Enrichissement ciblé

L'enrichissement lors du séquençage cible des régions génomiques d'intérêt avec une grande précision et une grande sensibilité, ce qui permet de détecter à la fois des variants rares et communs.

Le séquençage de l'exome est probablement la technique de séquençage ciblé la plus fréquente. Il n'enrichit que les régions codant pour les protéines ou exoniques du génome humain, là où sont supposés se trouver la plupart des variants à l'origine du phénotype. Il est possible d'obtenir une couverture complète des régions codantes grâce au séquençage de l'exome.

En savoir plus sur le séquençage de l'exome

Amorces préconfigurées pour séquençage ciblé en utilisant la PCR 

Séquençage d'un panel de gènes

Le séquençage de panels est une technique de séquençage deuxième génération de plusieurs régions génomiques d'intérêt. Les panels peuvent être préparés à l'avance ou bien conçus sur mesure pour cibler les gènes du cancer ou les régions de l'ADN corrélées à des maladies héréditaires ou à des phénotypes spécifiques. En ne séquençant que les gènes d'intérêt, les panels de gènes permettent une économie considérable d'argent, de temps et d'efforts d'analyse.

En savoir plus sur le séquençage de panels

Amplification par PCR pour séquençage Sanger

L'enrichissement ciblé et la capture grâce aux technologies de séquençage deuxième génération avec une excellente couverture de séquençage représentent une technique de séquençage ciblé répandue. Il est par ailleurs possible d'associer l'amplification par PCR à la technique Sanger pour séquencer un petit nombre de régions ciblées. Cette méthode identifie les positions des bases dans des paires de gènes dissemblables, les SNP ou les petites insertions/délétions dans les séquences d'ADN génomique. Elle est habituellement employée pour localiser les hétérozygotes, détecter les réarrangements génétiques et détecter les variants rares.

En savoir plus sur l'amplification par PCR associée au séquençage Sanger

Séquençage de l'ARNr 16S et séquençage de la région ITS

Le séquençage des régions hypervariables du gène de l'ARNr 16S ou de la région ITS est une méthode de séquençage d'amplicons apparentée utilisée pour identifier et comparer les bactéries ou les champignons présents dans un échantillon précis. L'étude de microbiomes complexes ou d'échantillons environnementaux est simplifiée par des options permettant de pooler les amplicons de PCR. Le séquençage très sensible d'amplicons du gène de l'ARNr 16S pleine longueur permet une caractérisation phylogénétique précise des microbes et une quantification jusqu'à l'échelon du genre voire de l'espèce.

En savoir plus sur le séquençage de l'ARNr 16S