RÉDUIT REPRÉSENTATION BISULFITE SÉQUENÇAGE

TECHNIQUE RRBS (REDUCED REPRESENTATION BISULFITE SEQUENCING)

Présentation – Qu'est-ce que la technique RRBS (reduced representation bisulfite sequencing) ?

La méthylation de l'ADN des vertébrés a lieu le plus fréquemment sur les cytosines dans les îlots CpG. Le RRBS (reduced representation bisulfite sequencing) est une méthode basée sur l'enrichissement des régions riches en CG des génomes de mammifères. La technique combine la digestion enzymatique spécifique aux motifs CpG et le traitement bisulfite suivi d'un séquençage, afin d'identifier à moindre coût le profil de méthylation par analyse fine. 

Le RRBS est avantageux dans le cadre d'études recherchant les caractéristiques génomiques importantes comme les promoteurs. Du point de vue clinique, cette méthode peut s'appliquer à la découverte de biomarqueurs en permettant une analyse comparative de l'ADN génomique différentiellement méthylé parmi des groupes d'échantillons (par exemple : tissu malade vs. tissu normal).

Applications - Quels sont les avantages du RRBS ?

De nombreux spécialistes en épigénétique préfèrent le RRBS car cette technique :

  • réduit les coûts de séquençage par rapport au séquençage du génome entier après traitement bisulfite
  • augmente la couverture des séquences des îlots CpG
  • fournit une résolution de l'ordre de la paire de bases pour analyser la méthylation des cytosines
  • permet des mesures quantitatives de la fréquence de méthylation de l'ADN
  • convient à l'analyse des régions d'ADN complexes telles que les séquences répétées qui pourraient être difficiles à identifier par des approches de séquençage conventionnelles

Procédures et process - Méthodes & techniques de RRBS

Le RRBS débute par une digestion enzymatique (par exemple, avec l'enzyme MspI). MspI reconnaît les motifs « CCGG » qui sont plus nombreux dans les éléments régulateurs de gènes que dans le reste du génome. Lorsque MspI digère l'ensemble de l'ADN génomique, l'enzyme de restriction effectue plus fréquemment des clivages dans les régions riches en CpG, ce qui donne de courts fragments d'ADN à partir de ces régions. Puisque d'autres parties du génome contiennent moins de sites de reconnaissance CCGG, MspI clive ces segments moins fréquemment, ce qui produit des fragments d'ADN plus longs à partir du reste du génome. 

Les fragments d'ADN obtenus sont soumis à une sélection par la taille afin d'exclure les fragments plus longs du traitement en aval. Seuls les îlots riches en CpG (les plus souvent méthylés) sont analysés par séquençage à haut débit. 

Expertise scientifique : RRBS

GATC Biotech a rapidement reconnu le potentiel du RRBS et a été l'un des premiers à adopter cette technique dans ses laboratoires.

Publications

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Services associés à la technique RRBS

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Autres documents à lire concernant la technique RRBS (reduced representation bisulfite sequencing

Nagarajan, A., Roden, C., Wajapeyee, N. Reduced representation bisulfite sequencing to identify global alteration of DNA methylation. Methods Mol Biol. 1176, 23 – 31 (2014).

Meissner, A. et al. Reduced representation bisulfite sequencing for comparative high-resolution DNA methylation analysis. Nucleic Acids Res. 33(18), 5868-77 (2005).