SMALL-RNA-SEQ

SMALL-RNA-SEQ

Übersicht - Was ist Small-RNA-Seq?

Small RNA-Sequenzierung wird zur Erstellung von Profilen kleiner RNAs im gesamten Transkriptom verwendet. Ausserdem findet es bei der Entdeckung und Analyse neuer microRNA (miRNA) und miRNA-Isoformen (isomiRs) verwendet Anwendung. Small RNA-Sequenzierung ist eine RNA-Sequenzierungsmethode, die auf kleine RNAs als Inputmaterial abzielt. Diese nichtkodierenden kleinen RNAs enthalten wichtige regulatorische Elemente wie miRNA, siRNA und piRNA. Kleine RNAs sind an zellulären Prozessen wie der RNA-vermittelten epigenetischen Regulation der Genexpression, Zellentwicklung, Differenzierung und Apoptose beteiligt. Insbesondere miRNAs sind gut untersuchte Modulatoren der Proteinexpression durch posttranskriptionelle Regulationsmechanismen. Da abnorme miRNA-Mechanismen in engen Zusammenhang mit Krankheiten wie Krebs gebracht werden, ist miRNA-Seq ein Hilfsmittel mit beträchtlichem diagnostischem und prognostischem Potenzial.

Anwendungsbereiche – Welche Vorteile hat Small-RNA-Seq?

Die Analyse von Small-RNA basierend auf Next-Generation Sequenzierung (NGS) bietet folgende entscheidenden Vorteile:

  • Ein Profil aller kleinen RNAs und miRNAs im Transkriptom
  • Analyse aller kleinen nichtkodierenden RNAs ohne vorherige Sequenzinformationen
  • Identifikation neuer kleiner RNAs
  • Charakterisierung von miRNA-Isoformen und deren Auswirkungen auf die Genexpression
  • Gewebespezifische differenzielle Expressionsanalyse kleiner RNAs
  • Entdeckung neuer Biomarker (miRNA-Entdeckung) für Krebs und andere Krankheiten

Arbeitsablauf – Methoden und Techniken für Small-RNA-Seq

Im Gegensatz zu mRNA-Sequenzierung und Gesamt-RNA-Sequenzierung werden bei der Small-RNA-Sequenzierung nur RNAs und miRNAs mit kürzeren Nukleotid-Längen angereichert. Die Small-RNA-Targets werden durch Größenauswahl anhand von Größenausschluss-Gelen oder kommerziell entwickelten Kits angereichert. Sobald die kleinen RNA-Stücke isoliert sind, werden Linker an den Enden angefügt und die RNA wird gereinigt. Diese RNA wird in cDNA revers transkribiert, die dann nach den gängigen Standardverfahren sequenziert wird.

Wissenschaftliche Expertise: RNA-Seq

Um das gesteigerte Forschungsinteresse an kleiner nichtkodierender RNA zu unterstützen, hat GATC Biotech eigens für die Small-RNA-Sequenzierung spezielle Arbeitsabläufe entwickelt. Mit unseren optimierten Methoden für NGS von kleiner RNA und microRNA bietet GATC Biotech einen einfachen und präzisen Ansatz zur Entdeckung und Analyse von RNAs kleinerer Größen. 

Publikationen

Unter Publikationen, finden Sie eine Liste ausgewählter Forschungsartikel (inklusive Artikel zum Thema Transkriptomik), unterstützt von Sequenzierungsprodukten von GATC Biotech.

Produkte in Verbindung mit Small-RNA-Sequenzierung

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Weiterführende Literatur zum Thema Small-RNA-Genomsequenzierung

Zhou, L., Li, X., Liu, Q, Zhao, F., Wu, J. Small RNA transcriptome investigation based on next-generation sequencing technology. J Genet Genomics. 38(11):505-13 (2011).

McCormick, K.P., Willmann, M.R., Meyers, B.C. Experimental design, preprocessing, normalization and differential expression analysis of small RNA sequencing experiments. Silence. 2(1):2 (2011).