GATC Biotech wird Proben aus Hirntumoren von Kindern für das weltweit größte Forschungsvorhaben zur Klärung von Krebserkrankungen sequenzieren. Ziel des deutschen PedBrainTumor-Konsortiums im Rahmen des ICGC ist die Entwicklung innovativer Diagnostikverfahren und Therapien, um Kinder in Zukunft nebenwirkungsarmer behandeln zu können.

GATC Biotech sequenziert Genome aus Tumorgeweben sowie den entsprechenden Kontrollen aus gesundem Gewebe derselben Patienten. Es werden Sequenziertechnologien von Illumina Inc. eingesetzt, u.a. der neue Illumina HiSeq 2000. Dieses Geraet ist mit bis zu 200 Gigabasen pro Lauf das derzeit effizienteste Sequenziersystem. Fuer eine zuverlaessige Datenauswertung werden die kompletten Genome mit einer 30-fachen Coverage sequenziert. Die Daten werden im Herbst 2010 an das DKFZ geliefert. Das Auftragsvolumen beträgt Euro 750.000.

„Hirntumore sind Hauptursache der Krebssterblichkeit im Kindesalter. Nebenwirkungsarme Therapien sind dringend notwendig, um den Kindern die schwere Behandlung zu erleichtern. Das PedBrainTumor-Projekt wird uns bei der Entwicklung solcher Therapien einen großen Schritt nach vorne bringen. GATC Biotech war bereits in der Pilotphase des Projekts ein zuverlässiger Sequenzierpartner, so dass wir die erfolgreiche Zusammenarbeit jetzt fortsetzen.“ kommentiert Professor Peter Lichter, Projektleiter und Sprecher des deutschen ICGC-Verbunds.

„Wir sind uns über die Bedeutung dieses Projekts und der Verantwortung absolut im klaren. Wir sind sehr stolz, das DKFZ im Rahmen des PedBrainTumor-Projektes unterstützen zu dürfen,“ sagt Peter Pohl, CEO der GATC Biotech.

Das PedBrainTumor-Konsortium, eine deutsche Beteiligung am Internationalen

Krebsgenom-Konsortium (ICGC), wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) und der Deutschen Krebshilfe e. V. über fünf Jahre mit 15 Millionen Euro gefördert. Unter der Leitung des Deutschen Krebsforschungszentrum (DKFZ) sollen die molekulargenetischen Ursachen von kindlichen Hirntumoren untersucht werden. Die Wissenschaftler erwarten von den Ergebnissen Ansatzpunkte für neue, innovative Therapien.

Über das DKFZ
Das Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) ist die größte biomedizinische Forschungseinrichtung in Deutschland und Mitglied in der Helmholtz-Gemeinschaft deutscher Forschungszentren. Über 2.000 Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen, davon 850 Wissenschaftler, erforschen die Mechanismen der Krebsentstehung und arbeiten an der Erfassung von Krebsrisikofaktoren. Sie liefern die Grundlagen für die Entwicklung neuer Ansätze in der Vorbeugung, Diagnose und Therapie von Krebserkrankungen. Daneben klären die Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen des Krebsinformationsdienstes (KID) Betroffene, Angehörige und interessierte Bürger über die Volkskrankheit Krebs auf. Das Zentrum wird zu 90 Prozent vom Bundesministerium für Bildung und Forschung und zu 10 Prozent vom Land Baden-Württemberg finanziert.

Das Spektrum der Behandlungsmöglichkeiten von Brustkrebs hat sich in den letzten Jahren wesentlich erweitert. Verschiedene neue medikamentöse Therapieformen werden in absehbarer Zeit verfügbar sein. Nicht alle Patientinnen sprechen jedoch gleich gut auf diese Therapien an. So kann der Verlauf einer Erkrankung individuell sehr unterschiedlich sein, bei bestimmten Betroffenen zu schweren Nebenwirkungen führen. Ein Grund für diese individuellen Unterschiede liegt in der Variabilität unseres Erbguts, der DNA.

Anhand umfassender und gut charakterisierter Patientengruppen werden in Kooperation mit dem Landeskrankenhaus Feldkirch, dem Brustzentrum Bodensee, vertreten durch die Frauenklinik am Klinikum Konstanz sowie der GATC Biotech AG in Konstanz Veränderungen in Genen, die zum Beispiel auf die Wirkung von Medikamenten Einfluss haben, mittels modernster Laborverfahren analysieren. „Anhand von Gewebe- und Blutproben werden wir bestimmte DNA-Abschnitte von Patientinnen unter die Lupe nehmen, die sich möglicherweise auf den Wirkungsmechanismus oder die Verstoffwechselung  von Arzneimitteln auswirken “, berichtet Axel Mündlein, Laborleiter am VIVIT in Dornbirn.

Weniger Nebenwirkungen durch optimale Therapieformen

Die Erkenntnisse aus den genetischen Untersuchungen der Betroffenen sollen dazu beitragen, die für die Patientinnen bestmöglichen Therapien abzuleiten. Ebenso sollen Therapien, auf die Brustkrebspatientinnen nicht ansprechen, frühzeitig ausgeschlossen werden sowie vermeidbare Nebenwirkungen und unnötig entstandene Kosten für das Gesundheitssystem maßgeblich eingeschränkt werden. Erste Ergebnisse sollen bis 2011 vorliegen, das Projekt Mitte 2013 abgeschlossen sein. Ko-finanziert wird es über Mittel der EU und dem Interreg IV-Programm "Alpenrhein-Bodensee-Hochrhein".

BioLAGO-Verbund brachte Stein ins Rollen

„Ohne die BioLAGO-Plattform hätte es das Projekt nicht gegeben“, berichtet Axel Mündlein. Entstanden ist die Idee durch den Austausch Mündleins mit Peter Pohl, dem Geschäftsführer des Konstanzer Biotechnologie-Unternehmens GATC bei einer Veranstaltung des BioLAGO-Netzwerks. Vor etwa einem Jahr hatten beide Mitglieder im Netzwerk für moderne Biowissenschaften den ersten Kontakt. Wie der Genetiker Mündlein berichtet, liegen die Vorzüge der Zusammenarbeit klar auf der Hand: „Die GATC verfügt über neueste Technologien im Bereich der Erbgutentschlüsselung und auch die geografische Nähe ermöglicht eine effiziente Kooperation“, so Mündlein. 

Eine Zusammenarbeit, die ganz im Zeichen des Konzepts des 2007 gegründeten Verbunds BioLAGO steht. Seit Mitte 2008 mit eigener Geschäftsstelle im Konstanzer Technologiezentrum arbeitet das internationale Netzwerk intensiv daran, Forscher, Unternehmer und Ärzte zusammenzubringen, um neue Projekte und Produkte zu entwickeln und den Standort zu stärken. „Dieses Projekt belegt, dass die Verzahnung von Wissenschaft und Wirtschaft auf einer branchenspezifischen Plattform Früchte trägt“, so BioLAGO-Geschäftsführer Andreas Baur.

VIVIT (Vorarlberg Institute for Vascular Investigation and Treatment)

VIVIT ist ein privater gemeinnütziger Trägerverein zur Forcierung der angewandten medizinischen Forschung in der Region Vorarlberg. Schwerpunkte der Forschung des VIVIT sind Diabetes mellitus, Herzerkrankungen,  Beingefäßerkrankungen und Schlaganfall sowie Themen aus der Onkologie und Nephrologie. Hierbei können alle Fachrichtungen auf Analysedienstleistungen eines eigens dafür eingerichteten molekularbiologischen Labors zurückgreifen, um u.a. erbliche bedingte Prädispositionen für Erkrankungen in den genannten Bereichen zu untersuchen. Neben seinen Forschungstätigkeiten führt das VIVIT klinische Studien im Auftrag überregionaler Unternehmen am akademischen Lehrkrankenhaus Feldkirch durch. Das VIVIT gehört im Bereich der vaskulären Forschung österreichweit zu den aktivsten Instituten und liegt europaweit derzeit im Spitzenfeld. (Kontakt: Dr. Axel Mündlein, Tel.: +43 5572 372 65 81, Fax +43 5572 372 65 84, labor@vivit.at)

GATC Biotech hat heute den Kauf von Illumina’s neuestem Sequenziergerät, dem HiSeq 2000, welches erst letzte Woche offiziell im Markt lanciert wurde, bekannt gegeben. Mit dieser Neuinvestition verstärkt GATC Biotech seine derzeit drei Genome Analyzer IIx von Illumina Inc.

Im ersten Schritt soll der HiSeq 2000 für Humangenomsequenzierprojekte von  Kunden aus der pharmazeutischen und medizinischen Forschung eingesetzt werden. Auch die industrielle und akademische Forschung soll von der hohen Leistungsfähigkeit des neuen Systems profitieren und die Firma plant, große eukaryotische Genome im Hochdurchsatz zu sequenzieren.

“Mit einem Output von ca. 200 GB pro Lauf können wir mit dem HiSeq 2000 quasi 60 Humangenome mit einfacher Coverage in einer Woche sequenzieren. Als Sequenzierdienstleister mit Illumina CSPro Zertifikat sind wir sicher, das System rasch installieren zu können um es ohne Zeitverzug in die Laborroutine zu integrieren,“ so Peter Pohl, CEO der GATC Biotech.

Das HiSeq 2000 Sequenzierungssystem wurde von Illumina Inc. Mitte Januar 2010 auf der J.P. Morgan Healthcare Conference in San Diego vorgestellt.

“GATC aims to continually offer our customers the most innovative, efficient and integrated sequencing technologies and applications for their research projects. To achieve our 100-Human-Genome-Project goal, evaluating Complete Genomics’ human genome sequencing technology is a logical step,” explains Peter Pohl, CEO of GATC Biotech.

“We are pleased to be working with GATC Biotech on this project which will further demonstrate the value of our large-scale, high-quality, low-cost human genome sequencing service,” said Dr. Clifford Reid, chairman, president, and CEO of Complete Genomics.

About Complete Genomics
Founded in 2006, Complete Genomics is a California company that has developed a
novel approach to sequencing human DNA that is revolutionizing the human genome
sequencing industry. Complete Genomics combines its proprietary third-generation
DNA sequencing technology with its high-performance computing capabilities to deliver
low-cost, high-quality genomic data on an unprecedented scale. The company is
currently building the world’s largest human genome sequencing center. This
development will allow academic and biopharmaceutical researchers, for the first time,
to conduct large-scale complete human genome studies that will help identify the
genetic underpinnings of complex diseases and drug responses. For additional
information about the company, please visit http://www.completegenomics.com.

Complete Genomics, Inc. | Jennifer Turcotte, Vice President of Marketing, Tel. (650) 943-2846, jturcotte@completegenomics.com

Durch das neue Labor in London profitieren Kunden von einem gratis 24-Stunden-Kurierdienst. Zusätzlich werden in vielen englischen und irischen Städten DNA-Proben an GATC Sammelpunkten kostenlos am Abend abgeholt, die an das GATC Labor in London am folgenden Tag geliefert werden.

NightXpress – Der schnellste Sequenzierservice der Welt

GATC Biotech plant einen einzigartigen "5-to-9" Sequenzierservice (NightXpress) einzuführen, der die Zeit von Probenabholung bis Datenlieferung auf 16 Stunden verkürzen wird.

Die DNA-Proben werden täglich von Montag bis Freitag kostenlos gegen 17:00 Uhr an den GATC-Sammelpunkten abgeholt. Bereits um 9:00 Uhr am nächsten Morgen, auch samstags, stehen die Sequenzierergebnisse zur Verfügung. Mit NightXpress gewinnen die Wissenschaftler fast 2 Tage Vorsprung für nachfolgende Arbeiten. NightXPress wird ab 15. Februar 2010 für Kunden aus London und Umgebung zur Verfügung stehen.

"Mit NightXpress bieten wir den weltweit schnellsten Sequenzierservice. 1990 wurde GATC als Europa’s erster kommerzieller Sequenzierdienstleister gegründet; jetzt setzen wir wieder neue Maßstäbe: mit ultraschnellen Sequenzierservices zu wettbewerbsfähigen Preisen,“so Peter Pohl, Vorstand der GATC Biotech.

Der GATC NightXpress Service wurde erstmals in Deutschland 2007 lanciert und nun wird das erfolgreiche Konzept in Großbritannien etabliert, wo die Firma seit 2004 eine Niederlassung unterhält.

Zusätzlich baute GATC in den vergangenen Jahren ein Netz von Probenabholstellen auf, z.B. in Cambridge, Oxford, Newcastle-upon-Tyne, Harwell, London, Liverpool, Leeds, Leicester, Manchester, Aberdeen, Glasgow, Edinburgh und Dublin. Es ist geplant, dieses Netzwerk in den kommenden Monaten weiter auszubauen.

GATC Biotech verfügt mit Sequenziertechnologien wie Applied Biosystems ABI 3730xl, Roche Diagnostics GS FLX und Illumina Genome Analyzer IIx über eine hochautomatisierte Sequenzierplattform. Für das GATC Labor in London, welches sich zentral in der Nähe des Imperial College und der UCL befindet, werden die gleichen strengen Qualitäts- und Automationsstandards gelten, die auch in den Laboren der GATC Zentrale in Konstanz, angewandt werden.

Über das LBIC - www.lbic.com

Das London BioScience Innovation Centre (LBIC) konzentriert sich auf biowissenschaftliche Aktivitäten und vermietet Labor- und Büroeinrichtungen von hohem Standard. Zum Royal Veterinary College gehörend, beherbergt das LBIC Biotechnologie und Diagnostik Unternehmen, Zulieferer und Dienstleister für die Life Science Industrie, Venture Investoren und kleine pharmazeutische Firmen. Das LBIC verfügt über zahlreiche Besprechungs- und Konferenzräume  und befindet sich in der Nähe des Londoner Finanzsektors. Das LBIC ist bequem zu erreichen und liegt gerade zehn Minuten zu Fuß vom Kings Cross und der Euston Fernbahnstation entfernt, direkt neben dem Royal Veterinary College. 

Customers can combine any number of samples with any size of targeted region to be subsequently sequenced on any available sequencing technology. The deep sequencing of specific regions on a large number of samples is now affordable and within reach. GATC uses, for example, the SureSelect Targeted Enrichment system and the On-Array DNA Capture system from Agilent.

Sample tagging/barcoding will decrease the sequencing costs. For the transcriptome analysis the new Agilent SureSelect Human All Exon Kit can be used. Complete human genome re-sequencing is also available. The bioinformatic analysis includes mapping, SNP / InDel analysis and visualization.

"We did a re-sequencing project with 5 human genomes for the DKFZ in Heidelberg as a pilot study and were amazed by the high potential of these applications for cancer research, diagnostics or other fields of clinical research," says Peter Pohl, CEO of GATC Biotech.

End of 2006 GATC Biotech AG initiated the "100-Human-Genome-Project" with the goal to help to decrease the costs for a re-sequenced human genome to Euro 500.

Bis 2012 werden über 5 Millionen Euro in den Hauptsitz Konstanz für neue Büro- und Laborräume sowie bis zu 100 weitere Arbeitsplätze investiert.

Mit zusätzlichen 960 Quadratmetern werden die bestehenden Labor- und Büroflächen verdoppelt. Der dreigeschossige Erweiterungsbau wird unmittelbar an das ursprüngliche Gebäude angefügt. Alt und Neu werden dabei durch einen komplett verglasten Eingangsbereich verbunden. Verantwortlich für Planung und Bauleitung ist das Architekturbüro Giel & Engelmann aus Konstanz.

„Das starke Wachstum unserer Firma in den letzten Jahren macht den Neubau absolut notwendig. Wir platzen buchstäblich aus allen Nähten, da wir seit 2006 die Zahl der Mitarbeiter mehr als verdoppelt haben. Zusätzlich wird dringend weitere Laborfläche benötigt, um die Sequenzierkapazität auf jährlich 30 Terabasen bis 2013 ausbauen zu können. Dies ist notwendig, um unsere internationale Expansion weiter voranzutreiben. Wir sind sehr stolz darauf, auch in wirtschaftlich schweren Zeiten Arbeitsplätze zu schaffen und den dynamischen Life Science Standort am Bodensee zu festigen und weiter auszubauen,“ so Peter Pohl.
 
Im Frühjahr 2010 soll der Erweiterungsbau bezogen und anlässlich des 20jährigen Bestehens der Firma feierlich eingeweiht werden.

Unter www.gatc-biotech.com können die Bauarbeiten live mitverfolgt werden.

Auf über 100 Quadratmetern Fläche konnten alle „Wissbegierigen“ beim erstmaligen Besuch der mobilen Erlebniswelt „BIOTechnikum“ am Bodensee in einer anschaulichen und eindrucksvollen Art und Weise erfahren, welchen Beitrag die Biotechnologie im Dienste des Menschen in den Bereichen Ernährung und Gesundheit, Landwirtschaft oder Umweltschutz heutzutage leistet. Neben Exponaten zu faszinierenden Technologien, wie z.B. einem DNA-Chip zur Krankheitsdiagnose, verdeutlichten interaktive Multimedia, Themendisplays oder Kurzfilme die vielseitigen Forschungs- und Einsatzfelder, aber auch „Chancen und Risiken“ der Biotechnologie.

Bereits beim offiziellen Startschuss, einem VIP-Rundgang mit Politikern, den organisierenden Unternehmen sowie Schülern und Lehrern des Konstanzer Alexander-von-Humboldt-Gymnasiums gab es im doppelstöckigen High-Tech-Truck des Bundesministeriums für Bildung und Forschung reichlich staunende Blicke. „Schade, dass es solch einen imposanten Truck nicht bereits zu meiner Jugend gab“, sagte der anwesende Landrat Frank Hämmerle, der in der Initiative einen wichtigen Impuls für die Nachwuchsförderung und somit zur Stärkung der Wettbewerbsfähigkeit der Region bezeichnete. „Die modernen Biowissenschaften sind absolut zukunftsweisend für die multinationale Seeregion“, sagte Urs Schwager, Leiter des Amtes für Mittel- und Hochschulen des Kantons Thurgau, einem der Unterstützer des BIOTechnikum-Besuchs.

Forscheralltag hautnah erleben

Nach dem Rundgang hieß es für die Schüler des Alexander-von-Humboldt-Gymnasiums „Kittel an, Pipette in die Hand!“ Bei einem mehr als zweistündigen Praktikum lernten die Schüler u.a. Erbgut-Sequenzen zu zerschneiden – mit viel Begeisterung und Konzentration: „Literatur und Filme zu biotechnologischen Verfahren sieht man in der Schule oft genug, so dass es für mich aufregend war, an solch professionellen Geräten selbst aktiv zu sein“, sagte der 19-jährige Zwölftklässler Simon Meßmer. Auch sein Mitschüler, Jonas Volpert nutzte die Gelegenheit der Wissenserweiterung: „Ich habe bereits ein Praktikum in einem Biotechnologie-Unternehmen gemacht, so konnte ich heute neue Erkenntnisse sammeln und Techniken kennenlernen“. Für die 18-jährige Schülerin Lena war es interessant, zu erfahren, „in wieviele Bereiche des Alltags die Biotechnologie hineinspielt“.

Life-Science-Unternehmen der Region suchen Nachwuchskräfte

Im Anschluss an Ihre Praktika und Rundgänge konnten die Schüler aus Konstanz und Kreuzlingen sich an mehreren Info-Zelten u.a. der Konstanzer Unternehmen GATC Biotech oder Nycomed zu Ausbildungsstellen im Bereich Life Sciences informieren und auch direkt mit Auszubildenden vor Ort sprechen. „Wir haben aktuell insgesamt 70 Azubi-Stellen, wobei wir im kommenden Jahr mehr als 20 zusätzliche schaffen werden“, erklärte Alexandra Thoß von Nycomed. Elke Decker, Marketing-Direktorin der GATC Biotech AG, sagte, dass das Konstanzer Life-Science-Unternehmen, „Karrieremöglichkeiten in enorm vielen Berufsfeldern“ bieten würde „vom Wirtschaftsinformatiker, über den biologischen Assistenten bis hin zum Industriekaufmann oder Marketing-Experten“. Beide Unternehmen suchen für das kommende Jahr händeringend nach Nachwuchskräften, sei es aus (Berufs-)schulen oder Universitäten. Auch Praktika werden angeboten.

Der Besuch des BIOTechnikums in Konstanz wurde durch die Unternehmen Nycomed und GATC Biotech AG als Hauptsponsoren sowie Genzyme CEE GmbH, Trenzyme GmbH, LECS Dr. Ruff, dem Landkreis Konstanz, dem Kanton Thurgau sowie durch die Initiative "Jahr der Wissenschaft" unterstützt.

Zwei Schulgruppen vom Alexander-von-Humboldt-Gymnasium in Konstanz sowie vom Otto-Hahn-Gymnasium in Tuttlingen konnten den wissenschaftlichen Mitarbeitern im Labor über die Schulter schauen und erfuhren anschaulich, wie ein hochspezialisiertes Biotech-Unternehmen funktioniert.

Die GATC hatte sich zusätzlich kompetente und faszinierende Unterstützung geholt. Das rollende Labor "BioLab Baden-Württemberg on Tour" war bei GATC zu Gast. Die Schüler konnten sich als Forscher betätigen und führten grundlegende Methoden der Biotechnologie und Gentechnik in Experimenten unter Anleitung von erfahrenen Naturwissenschaftlern selbst durch.

Jenseits der Wissenschaft wurden sie auch künstlerisch inspiriert. Daniel Becker von Visual DNA zeigte ihnen, wie der „Code des Lebens“ in Farben und Muster umgewandelt werden kann um individuelle, ästhetische und unverwechselbare Muster für jedes Lebewesen zu generieren.

„Das war ein gigantisches Angebot“, so Achim Baumann, Biologie-Lehrer am Otto-Hahn-Gymnasium in Tuttlingen. „Das gebotene Programm war unglaublich. Das Thema Genetik wurde von der akademischen, kommerziellen und sogar künstlerischen Seite beleuchtet. Wir haben selten erlebt, dass eine Firma einen derartigen Aufwand für einen Schülertag betreibt.“

„Das Interesse der Schüler an Biologie und Biotechnologie ist dadurch gewachsen,“ sagte Thomas Armbruster vom  Alexander-von-Humboldt-Gymnasium in Konstanz. „Ein Schüler hat sich sogar nach diesem Tag für Biologie als Neigungsfach entschieden. Was will man mehr?“

„Wir werden das wiederholen,“ versprach Elke Decker, verantwortlich für Marketing und Unternehmenskommunikation bei GATC. „Der Enthusiasmus der Schülerinnen und Schüler sowie der Lehrer war eine tolle Belohnung für uns. Wir sehen auch ganz deutlich einen Bedarf nach einer langfristigen Bildungskooperation zwischen Schulen und Industrie und werden dies auf jeden Fall unterstützen und fördern.“

Der Genetik-Tag wurde anlässlich GATC’s Auszeichnung „Ausgewählter Ort 2008“ im Rahmen des bundesweiten Wettbewerbs „„365 Orte im Land der Ideen 2008“ veranstaltet.

Stephan Hettich, Direktor der Deutschen Bank Konstanz, überreichte eine Ehrentafel sowie eine von Bundespräsident Horst Köhler, Schirmherr des Wettbewerbs, unterzeichnete Urkunde an Peter Pohl, Vorstand der GATC Biotech AG.

Mit NightXpress bietet die GATC ihren Kunden in mehreren deutschen Städten einen zukunftsorientierten, zeitsparenden DNA-Sequenzierservice an. DNA-Proben jeglicher Organismen werden abends bei Instituten, Forschungseinrichtungen und Unternehmen abgeholt und nach Konstanz gebracht. Dort werden sie noch in derselben Nacht sequenziert. Die Wissenschaftler können die Sequenzdaten bereits am folgenden Morgen ab 9 Uhr im Internet abrufen und gewinnen im Vergleich zu herkömmlichen Services einen Vorsprung von bis zu zwei Tagen.

"Wir freuen uns sehr über diese Auszeichnung, die wir als Anerkennung unserer Leistungs- und Innovationskraft sehen," erklärte Peter Pohl. "Wir verstehen uns als Innovationsführer auf dem Gebiet der DNA-Sequenzierung und NightXpress ermöglicht es unseren Kunden, ihre Forschung schnellstens voranzutreiben."

"Deutschland - Land der Ideen" ist die gemeinsame Standortinitiative von Bundesregierung und deutscher Wirtschaft, vertreten durch den Bundesverband der Deutschen Industrie (BDI). Die Deutsche Bank engagiert sich bereits seit drei Jahren an der Seite der Standortinitiative. Rund 1500 Unternehmen, Forschungsinstitute, Projekte sowie kulturelle und soziale Einrichtungen bewarben sich im Rahmen des Wettbewerbs.

Jeder "Ausgewählte Ort 2008" stellt sich und seine Idee an einem Tag im Jahr 2008 vor. Die GATC begeht die Auszeichnung am 9. Juli mit einem "Genetik-Tag", zu dem naturwissenschaftlich interessierte Schulklassen aus Konstanz und Umgebung eingeladen sind. Es soll ihnen in den Laboren der GATC gezeigt werden, wie Erbmaterial (DNA) sequenziert wird.

Für diesen Tag hat sich die GATC zudem kompetente und faszinierende Unterstützung geholt. Das rollende Labor "BioLab Baden-Württemberg" wird auf dem Gelände der GATC stehen. Es enthält ein komplett ausgestattetes Genlabor der Sicherheitsstufe S1 und wird den Schülergruppen zur Verfügung stehen. Die Schüler erhalten die Gelegenheit, sich selbst als Forscher zu betätigen und einen Blick in den praktischen Laboralltag zu werfen. Das Labor wird von drei erfahrenen Naturwissenschaftlern betreut.

Darüberhinaus vermitteln eine Postershow und Ausstellungsobjekte, verständliche und fachlich fundierte Informationen zu Grundlagen, Zusammenhängen und Anwendungsgebieten der modernen Lebenswissenschaften un der Biotechnologie.

The decision for the investment was based on increasing demand for projects for which

up to 50 bp read length is sufficient, such as resequencing of genomes, micro RNA, CAGE/SAGE and ChIP-sequencing.

“The demand for sequencing projects which require a hybrid strategy is increasing, too,” explains Dr. Kerstin Stangier, Global Key Account Manager of GATC. “The combination of the GS FLX with the Genome Analyzer allows us to overcome the drawbacks of each system, for example the known homopolymer problem of the pyrosequencing technology. With the new assembly strategy developed by GATC we combine the data of both systems and receive assemblies of higher and more reliable quality.”

Besides adding to the number of next-gen sequencers the company has also expanded its informatics infrastructure with new high-performance clusters and storage networks as well as bioinformaticians and programmers to cope with the increased data output and analysis.

GATC's decision to add an additional GS FLX to its service offering was based both on soaring demand for ultra high-throughput sequencing services as well as the goal to set new industry standards.

“Having two GS FLXs available enables us to execute very demanding sequencing projects on short notice and handle production peaks much better. For example, we are able to run one instrument with a paired-end application and the other one with single reads,” said Thomas Pohl, explaining the company’s decision for the new acquisition. “Timely production of high quality data is crucial if you want to be a reliable sequencing partner to industry and academia. Using two GS FLX systems, our sequencing facility runs without downtimes.” At GATC, the GS FLX systems are mostly used for de novo sequencing as well as for transcriptome and metagenome analysis.

“We are impressed by the growth of GATC’s sequencing business, which reflects their dedication to customers. By doubling 454 Sequencing capacity, GATC is responding to the strong demand for long reads and high quality results at an affordable price point,” said Chris McLeod, President of 454 Life Sciences, a member of the Roche Group. “GATC’s addition of a second GS FLX demonstrates the platform’s status as a sequencing standard.”

About Roche

454 Life Sciences, a center of excellence of Roche Applied Science, develops and commercializes the innovative Genome Sequencer™ system for ultra-high-throughput DNA sequencing. Specific applications include de novo sequencing and re-sequencing of genomes, metagenomics, RNA analysis, and targeted sequencing of DNA regions of interest. The hallmarks of 454 Sequencing™ are its simple, unbiased sample preparation and long, highly accurate sequence reads, including paired reads. 454 Sequencing technology has enabled many peer-reviewed studies in diverse research fields, such as cancer and infectious disease research, drug discovery, marine biology, anthropology, paleontology and many more.

GATC hat im letzten Jahr stark expandiert. Die Sequenzierkapazität wurde von 15,6 auf 250 Gigabasen pro Jahr erweitert und die Zahl der Mitarbeiter stieg von 45 auf 62 bis Ende 2007. Auch in den ersten beiden Monaten des neuen Jahres wurden zusätzliche Mitarbeiter akquiriert. Im November 2007 lancierte GATC einen Sequenzierservice für Humangenome und gründete Anfang 2008 die LifeCode AG, der erste europäische web-basierte Informationsservice zur Speicherung und Nutzung biologischer und medizinischer Analysedaten aus Gen- und Proteincode-Untersuchungen.

GATC ist der einzige Sequenzierdienstleister weltweit welcher alle führenden Hochdurchsatz-Technologien in einem Labor vereinigt (ABI 3730XL™ und SOLiD™ System, Illumina Genome Analyzer™ Roche GS FLX™).

Katarina Nyström, Verkaufsleiterin des neuen Stockholmer Büros, kommentiert die Firmenneugründung: „Wir wollen unseren Kunden einen sehr persönlichen und effizienten Service garantieren. Durch die Gründung der schwedischen Firma sind wir unseren skandinavischen Kunden ein Stück näher gerückt und werden damit diesem stark wachsenden Markt gerecht.“

Peter Pohl, CEO der GATC Biotech, hierzu: „Wir freuen uns sehr über die neue Niederlassung in Schweden. Sie wird neben der stetig steigenden Sequenzierkapazität auch dazu beitragen, GATC's Marktposition als führender Sequenzierdienstleister in Europa weiter zu festigen.“

Unlike other methods, GATC’s system is suitable for use with the Roche GS FLX and Illumina Genome Analyzer. This barcoding method is especially well suited to DNA smaller than whole genomes (e.g. cDNA libraries, de novo sequencing of BACs, fosmids, viruses) whose sequencing would otherwise be impractical and expensive. The technique is highly efficient, resulting in 99.9% of sequences successfully tagged, which lead to dramatic cost savings.
 
The tags are nucleotides which are attached to the samples during the production of the shotgun libraries and read during the Next-Gen sequencing process. Following sequencing, samples will be sorted according to their tag. The new system will be applied to the recently installed ABI SOLiD System, too. The tags are very robust to sequencing errors caused by homopolymers.

Thomas Pohl, CTO of GATC Biotech, said: “We saw the need for a platform-independent barcoding system that was not limited by the number of tags used. We optimised the length of the tags so that they are sufficient for high-quality sequence sorting but also make the data loss acceptable when using Next-Gen sequencers which produce micro reads of 36 bases or less. Moreover, these sequencers are now a cost-effective option for de novo sequencing of, for example, organelles such as chloroplasts or mtDNA, as the number of micro reads is relatively low. We use DNASTAR’s SeqMan Genome Assembler for the assembly.”

The barcoding system is now available to GATC Biotech’s next-generation sequencing customers. The system has already been successfully applied to BAC sequencing projects with 50 individual tags using the GS FLX. Additionally, in cooperation with Prof. Dr. Christof von Kalle and Dr. Manfred Schmidt of the NCT in Heidelberg, GATC Biotech has used barcoding to improve the sequencing efficiency within the ongoing EU funded CONSERT project. The research project was set up to develop and improve gene therapy protocols for inherited diseases.

Die rasante Entwicklung moderner Analysemethoden gestattet es heute, Teile des genetischen Codes, seine Regulation und häufig vorkommende Eiweißstoffe wesentlich günstiger und genauer zu untersuchen als das noch vor wenigen Jahren möglich gewesen wäre. In zunehmendem Maße können Risiken und genetische Zusammenhänge definiert werden, die bei der Entwicklung bestimmter Erkrankungen, wie zum Beispiel Herz-Kreislauferkrankungen oder Krebs, eine wesentliche Rolle spielen. Es ist absehbar, dass in wenigen Jahren der gesamte genetische Code eines Individuums zu diagnostischen Zwecken und letztendlich auch zur Optimierung der persönlichen Gesundheitsvorsorge ermittelt werden kann.

Weder für Privatpersonen noch für die betreuenden Ärzte gab es bisher passende Lösungen, um diese komplexen Daten in Echtzeit zu aktualisieren, auf einer seriösen und transparenten Plattform für medizinische Beratung bereitzustellen und dabei auf jeder Stufe des Prozesses höchste Datensicherheit zu gewährleisten.

LifeCode deckt diesen individuellen Bedarf. Das Unternehmen bietet eine Plattform, mit der jede Person ihren persönlichen biologischen Code erfassen und verwalten kann. Die Nukleinsäure-Analyse gibt Aufschluss über die eigenen genetischen Informationen und macht es möglich, sich mit dem eigenen Körper und seinen biologischen Prozessen besser auseinanderzusetzen. Wo zusätzliche Untersuchungen erforderlich sind, nutzt LifeCode modernste, auf Bio-Chips basierende Analysemethoden.

Noch wesentlicher als die Analyse ist für LifeCode die bestmögliche Aufbereitung der Daten für den Kunden. Genetische Informationen sind ohne profunde Kenntnisse kaum sinnvoll zu interpretieren. Unsere Gene sind nur einer von vielen Einflüssen, die unser Leben und unsere Gesundheit bestimmen. Daher dürfen Ergebnisse aus genetischen Untersuchungen auch nicht mit medizinischen Diagnosen verwechselt werden. Bei der Auswertung der Daten setzt LifeCode daher auf fundierte und verständliche Informationen auf dem neuesten wissenschaftlichen Stand. Die Nutzer können klar erkennen, welche Angebote und Annahmen tatsächlich medizinisch sinnvoll sind – und welche Aussagen über das eigene biologische Profil allgemeinerer Natur sind. Ein Hauptanliegen von LifeCode ist es dabei, die gewonnenen Informationen über das persönliche genetische Profil für den Kunden in einen wissenschaftlichen und medizinischen Kontext zu setzen. So können ungesicherte Ergebnisse klar als solche gekennzeichnet und unzulässige Schlussfolgerungen aus den Analysewerten verhindert werden.

„Ein großes Anliegen von LifeCode ist, dass jeder Kunde hinsichtlich biologischer Tests seine Entscheidung informiert trifft und keine Untersuchungen im falschen Verständnis, ohne Aufklärung und Einwilligung unternommen werden“, sagt Peter Pohl, CEO der neu gegründeten LifeCode AG. „Dem entspricht, dass wir uns als Anbieter auch im Bereich nicht-medizinischer Gendiagnostik, etwa bei der Ermittlung von Abstammungslinien, denselben strengen Anforderungen unterwerfen, wie sie für die medizinische Gendiagnostik gelten.“

LifeCode basiert auf den geltenden Leit- und Richtlinien und verpflichtet sich zur konsequenten Einhaltung von einschlägigen Verordnungen und Gesetzen sowie zum Dialog mit den Behörden, die periodisch die Regulierungen dem Stand von Technik und Wissenschaft anpassen. LifeCode orientiert sich an der neuesten naturwissenschaftlichen und medizinischen Forschung, wird von hochqualifizierten Spezialisten beraten und passt seine genetischen Dienstleistungen an den jeweiligen aktuellen Ergebnisstand an.

LifeCode ist eine Ausgründung aus der GATC Biotech AG und wird dabei durch weitere private Gründungsmitglieder unterstützt. Der Start des Informationsdienstes der LifeCode AG ist für April 2008 unter der Internetadresse www.yourlifecode.com geplant. Offene Positionen für interessierte Mitarbeiter werden zeitnah auf der Internetseite ausgeschrieben.

Weitere Informationen finden Sie unter www.life-codex.com