Analyses de transcriptomes entiers

Identification et quantification des gènes exprimés

Votre projet de transcriptome

Les différences transcriptomiques entre les organismes, les étapes de développement et les conditions environnementales peuvent être comparées de manière détaillée par séquençage d'ARN.  La détermination de l'abondance des transcrits (profilage d'expression génique) et l'annotation des SNPs codants constituent des outils puissants pour étudier les mécanismes sous-jacents à l'origine des phénotypes spécifiques. Grâce à sa haute reproductibilité et sa gamme dynamique étendue, le séquençage d'ARN trouve des applications dans de nombreux domaines de recherche médicale et biologique.

Stratégie

Pour déterminer de façon fiable la relative abondance des transcrits et comparer les niveaux d'expression des différents échantillons, il faut réaliser un séquençage ultra profond. L'Illumina HiSeq 2000 fournit les meilleurs résultats de séquençage industriel et une qualité pour un taux le plus rapide de génération de données et est donc idéal pour réaliser une analyse poussée du transcriptome. Le séquençage d'ADNc pleine longueur permet d'étudier les polymorphismes dans la partie codante des transcrits et, simultanément, de mesurer quantitativement leur abondance. Des études centrées sur les régions non traduites 5' ou 3' hyper-polymorphiques et riches en informations (UTRs) peuvent être effectuées en préparant des banques spécifiques. L'utilisation de banques UTR 5' ou 3' augmente également la profondeur du séquençage et, donc, le changement pour détecter des transcrits peu abondants, mais physiologiquement pertinents.

Matériel de départ

• Tissu
• ARN total
• ARNm
• ADNc

Préparation de banques

• En option :  enrichissement ARNm / déplétion ARNr pour procaryotes
• Synthèse d'ADNc amorcée au hasard pour séquençage d'ADNc pleine longueur
• Banques 3' ou 5' UTR pour se concentrer exclusivement sur les régions non traduites riches en informations et augmenter la profondeur du séquençage 

Séquençage 

• Illumina HiSeq 2000 | lectures simples ou d'extrémités appariées pour détection des SNP et analyses d'expression

Bioinformatique

• Données brutes (fastq)
• Clustering
  • Représentant de chaque cluster (fasta)
  • Tableau de clustering (tsv)
• Alignement
  • Fichier d'alignement (sam, bam)
  • Tableau de profil d'expression (tsv)
  • Nombre de hits pour le même transcrit (txt)
  • Tableau de tous les SNPs (tsv)
• Comparaison des échantillons
  • Tableau comparatif (tsv)
  • Scatter plot (pdf)

• Pré-séquençage
• Simples réactions
• Génomes
• Targeted (re)-sequencing
• Human Sample Sequencing
• Transcriptome
  • > De novo Sequencing
  • > Re-Sequencing
• Métagénome
• Régulomes

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