Séquençage d'amplicons - design flexible d'étude combiné à un séquençage à haut débit
Détection très sensible des variants
Votre projet de séquençage d'amplicons
Détection de SNP rares et communs, insertions et délétions pour l'étude de variations génétiques dans des échantillons complexes et hautement variants. Caractérisation phylogénétique de communautés bactériennes complexes et sous-typage viral.
Stratégie
L'amplification spécifique du locus des petites régions ciblées suivie d'un séquençage ultra profond permet d'identifier les mutations rares et communes et, donc, de les caractériser entièrement.
Pendant la préparation des échantillons, les amplicons simples (produits PCR) dans un mélange d'amplicons sont amplifiés par clonage en émulsion PCR. Cela permet le séquençage de produits PCR individuels sans le laborieux clonage préliminaire des séquences cibles en bactéries. Ainsi, le système Roche GS FLX+ est-il parfaitement adapté à la détection de variants génétiques rares (limites de détection < 1 %) dans des échantillons hautement complexes et hétérogènes. Qui plus est, l'importante longueur de lecture permet de couvrir plusieurs SNPs en une fois, favorisant la répartition des haplotypes.
La préparation flexible des échantillons et les options de multiplexage garantissent des analyses approfondies d'un nombre statistiquement significatif d'échantillons.
Matériel de départ
- ADN génomique
- Produits PCR
- Produits PCR avec séquences adaptatrices spécifiques GS FLX+ Titanium attachées (“ready to load” )
Préparation de banques
Intégration adaptatrice grâce à une PCR locus spécifique avec amorces de fusion GS FLX+.
Séquençage
• Roche GS FLX+ | lectures simples
• Couverture dépendant de la sensibilité nécessaire de la détection des variants
Bioinformatique
- Données brutes (fasta et fastq)
- Flowgrams (sff)
- Fichier de mapping (ace)
- Séquence consensus (fasta)
- Rapport de cartographie (txt)
- Tableau de tous les SNPs (tsv)
Focus
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On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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