Stratégies personnalisées pour répondre spécifiquement à vos questions scientifiques
Etude de l'activité transcriptionnelle dans n'importe quel organisme sans référence
Votre projet de transcriptome
Le séquençage de novo d'un transcriptome pleine longueur permet la détection de transcrits nouveaux et rares, ainsi que la caractérisation précise de variants d'épissure et de transcrits de fusion. En outre, les résultats peuvent être utilisés pour améliorer les assemblages génomiques et l'annotation génique de génomes jusque là non caractérisés.
Stratégie
Afin de réaliser un assemblage de novo le plus précis possible et, donc, de permettre une reconstruction plus complète de transcrits pleine longueur, les lectures de séquençage sont cruciales. Une lecture simple peut couvrir complètement des transcrits entiers, des exons et des jonctions exon-intron et, donc, permettre l'identification d'isoformes alternées. Elle améliore également le taux de découverte génique et réduit la complexité grâce à la préparation et au séquençage de banques normalisées d'ADNc.
Matériel de départ
- Tissu
- ARN total
- ARNm
- ADNc
Préparation de banques
- En option : enrichissement ARNm / déplétion ARNr pour procaryotes
- Oligo (dT) ou synthèse amorcée au hasard de l'ADNc
- Normalisation par dénaturation / réassociation de l'ADNc
Séquençage
- Roche GS FLX+ ou PacBio RS I lectures simples
- Amélioration de la qualité de la séquence grâce aux données supplémentaires fournies par Illumina HiSeq 2000
Bioinformatique
- Données brutes (fasta et fastq)
- Flowgrams (sff)
- Clustering avec cd-hit-est
- Représentant de chaque cluster (fasta)
- Tableau de clustering (tsv)
- Assemblage semi-automatique avec assembleur GS de novo
- Singletons et séquences de contig assemblés (fasta)
- Rapport d'assemblage de novo (txt)
- Rapport de couverture des contigs assemblés (txt)
- Blastn w/Banque de gènes ou banques de données clients
- Cluster / tableau des annotations contigs EST (tsv)
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On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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