Analyse de transcriptome avec et sans référence
Du tissu au transcriptome
Le séquençage à haut débit d'ARN permet l'analyse de transcriptomes eucaryotes et procaryotes complets sans séquence d'information préliminaire. Les diverses préparations de banques et les protocoles de séquençage peuvent être utilisés et combinés pour différentes applications, comme par ex. la détection de transcrits nouveaux et rares, la découverte de SNP ou les analyses d'expression quantitative. Profitez de l'expérience de la GATC et des technologies de séquençage de pointe pour répondre précisément à toutes vos questions scientifiques.
= Roche GS FLX+ ou Pacific Biosciences PacBio RS | lectures longues pour l'assemblage de novo et l'analyse de transcrits pleine longueur
+ en option : normalisation d'ADNc afin de réduire la complexité et, donc, d'améliorer le taux de découverte génique
+ bioinformatique sur mesure pour tous les budgets : depuis les données brutes jusqu'à l'assemblage ou le clustering et l'identification génique par BLAST
= Illumina HiSeq 2000 | lectures simples ou d'extrémités appariées pour détection des SNP et analyses d'expression
+ en option : préparation de banques 3' ou 5' UTR pour se concentrer exclusivement sur les régions non traduites riches en informations et augmenter la profondeur du séquençage
+ bioinformatique sur mesure pour tous les budgets : Depuis les données brutes via la cartographie jusqu'à l'analyse des SNP ou le profilage d'expression
Exemple de projet:
Identification and quantification of transcripts which are not detectable with commercial arrays through combination of different library preparation methods and sequencing technologies
Design de projet et résultats:
1. Pooling de poly(A) + ARN à partir de quatre échantillons et génération d'une banque normalisée d'ADNc
2. Séquençage en utilisant le protocole GS FLX Titanium
3. Clustering des séquences qui en résultent
4. Blast de représentants cluster contre ESTs connus pour identification de gènes
5. Génération de quatre banques non normalisées d'ADNc avec quatre différents codes-barres
6. Séquençage des quatre échantillons taggés et groupés avec la technologie Illumina (36bp extrémité unique)
7. Mapping des lectures Illumina et résultats de séquençage GS FLX pour analyses d'expression quantitative
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NEW! Sequencing Service featuring PacBio RS
Next Generation Sequencing Seminar
Next Gen Specialists on side
Genomics & Transcriptomes
Analyses & Visualisation
On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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