Analyse du transcriptome avec ou sans référence

Du tissu au transcriptome

Les analyses du transcriptome ou analyses de l’expression servent à identifier les fonctions génétiques et les signaux physiologiques et permettent ainsi de mieux comprendre le rôle des gènes, par ex. dans la régulation de croissance, la différenciation, l’apoptose, le développement du cancer et la neurogénèse. L’utilisation de microarrays est actuellement la technique la plus courante pour les études de l’expression génétique ; elle est cependant limitée car elle ne peut par ex. détecter que les transcrits ARN connus et contenus sur l’array.

L’utilisation de techniques de séquençage de nouvelle génération permet par contre également l’analyse de transcrits entiers (ADNc) avec et sans référence :

• Normalisé, soustrait, procaryotique ;
• Amplicons ou exons complets ;
• Quantification (Tag Profiling ; SAGE, CAGE,...).

Exemple de projet :

Identification de transcriptomes non détectables par les arrays commerciaux

Design de projet et résultats :

• Regrouper les polyA+ des quatre échantillons et générer une banque normalisée d’ADNc ;
• Séquencer l’ADNc en utilisant le protocole titanium du GS FLX ;
• Rassembler les séquences qui en résultent ;
• Rechercher (Blast) et comparer les représentants cluster et les ESTs connus ;
• Générer une banque d’ADNc non normalisée à partir des quatre échantillons utilisant quatre codes-barres ;
• Séquencer les quatre échantillons tagged pooles sur l’analyseur génétique II (36bp single end) ;
• Cartographier les lectures de l’analyseur génétique II en données de séquence du GS FLX.

• Simples réactions
• Génomes
• Transcriptome
  • > ADNc
  • > SAGE/CAGE
  • > Exons/Amplicons
• Métagénome
• Régulomes
• Génotypage
• LAM-PCR

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