Enrichment - Compléter la préparation de l'échantillon au workflow de séquençage @GATC
Séquençage en profondeur de régions spécifiques dans un grand nombre d'échantillons
Votre projet d'enrichissement
Identification systématique de SNPs rares et communs, d'insertions et délétions dans des régions spécifiques afin d'étudier les variations génétiques entre des individus et leur corrélation avec des phénotypes et maladies spécifiques.
Stratégie
L'enrichissement de régions cibles, comprises entre moins de 200 Kb et plus de 50 Mb, dans n'importe quel génome virtuel d'intérêt permet un design de projet extrêmement flexible - depuis de petits projets jusqu'à des milliers d'échantillons - et élimine la mise en place de milliers de PCRs. Créez vos propres designs personnalisés pour des analyses axées sur des locus candidats spécifiques individuels. Utilisez des designs d'appâts pré-définis permettant de vastes études de l'exome et du kinome chez l'homme ou pour le modèle traditionnel vertébré de la souris. Le cas échéant, élargissez et individualisez les kits d'enrichissement existant en catalogue en ajoutant un contenu personnalisé. L'enrichissement est réalisé avec la méthode de capture de séquences robustes et optimisées en solution qui utilise de longs appâts ARN de haute qualité pour l'hybridisation.
Matériel de départ
ADN génomique
Préparation de la banque
- Préparation de la banque à partir d'ADN génomique pour Illumina HiSeq 2000
Enrichissement
- Optionnel : Design des appâts au moyen de l'outil de design online Agilent eArray
- Enrichissement au moyen des systèmes de technologie Agilent les mieux appropriés
- SureSelectXT Custom (from 1 Kb to 24 Mb)
- SureSelectXT Human All Exon V4
- SureSelectXT DNA Kinome
- SureSelectXT Mouse all Exon
- Hybridisation
- Capture de régions enrichies
- Multiplexage (optionnel) pour mélanger divers échantillons pour un séquençage subséquent
Séquençage
- Illumina HiSeq 2000 I lectures simples ou d'extrémités appariées pour détection des SNP et petits InDels
- Couverture au moins 30x en fonction du projet et de la source de l'échantillon
Bioinformatique
- Prétraitement (fichiers bam et bedgraph)
- Contrôle de la qualité des données de séquençage
- Alignement sur la référence
- Groupement de lectures
- Elimination des doubles PCR
- Réalignement localisé
- Recalibration du score de qualité à la base
- Détection des variants
- Polymorphisme d'un seul nucléotide (SNPs) : SNPs connus, nouveaux et classés (fichier tsv), tous les SNPs (fichier vcf)
- Délétion / insertion de polymorphismes (DIPs ; jusqu'à 5 bp) ; InDels (fichier tsv et vcf)
- Post traitement
- Annotation
- Filtration des variants
- Classement des variants
- Calcul de la couverture
- Résumé des données (png, pdf, txt)
Focus
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Horaires d'ouverture:
8H00 - 18H00 CET (Lun-Vend)
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Genomics & Transcriptomes
Analyses & Visualisation
On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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