Re-séquençage d'un génome entier
Re-séquençage complet d'un organisme pour analyse de SNP, InDel ou ré-arrangements
Votre projet de génome
Re-séquençage complet d'un organisme pour identifier les SNPs, InDels ou ré-arrangements
Stratégie
Séquençage au moyen d'Illumina HiSeq 2000
1. Lectures simples pour détection de SNPs
2. Lectures d'extrémités appariées de banques d'inserts de différentes tailles pour l'analyse d'InDels et les ré-arrangements
Matériel de départ
- ADN génomique
- Banques BAC ou fosmides si disponibles
Séquençage
- Lectures simples au moyen d'Illumina HiSeq 2000 pour détection de SNPs
- Lectures d'extrémités appariées au moyen d'Illumina HiSeq 2000 pour l'analyse d'InDels et les ré-arrangements
- Couverture 30x
Bioinformatique
- Fichier d’alignement (bam, bam.bai)
- Tableau de tous les SNPs (tsv, vcf, bed)
- Tableau de petites (jusqu’à 5 bp) insertions et délétions (tsv, vcf, bed)
- Rapport de cartographie (txt)
Focus
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On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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