Séquençage de novo d'un organisme inconnu
Stratégies personnalisées pour répondre spécifiquement à vos questions scientifiques
Votre projet de génome
Détermination de la séquence génomique d'un organisme inconnu permettant de faciliter la recherche biologique ou médicale, comme par ex. la découverte de nouvelles séquences ou gènes et la caractérisation du potentiel fonctionnel.
Stratégie
En fonction de l'objectif du projet (niveau de finishing exigé), de la taille et de la complexité du génome dont il s'agit, on peut avoir recours à différentes stratégies de séquençage. Depuis le séquençage backbone utilisant une seule technologie jusqu'aux approches multi-plateforme combinant les technologies de séquençage de nouvelle génération les plus récentes. Vous obtiendrez des résultats de haute qualité grâce au séquençage de banques d'inserts de différentes extrémités appariées et mate pair et à l'utilisation de la bioinformatique la plus développée.
Matériel de départ
- ADN génomique
- Banques BAC ou fosmides si disponibles
Petits génomes
La haute précision de la lecture des données brutes et la possibilité de combiner différentes tailles d'insertion d'extrémités appariées et de mate pairs font du HiSeq 2000 une technique adaptée au séquençage de novo rentable de petits génomes, comme par ex. ceux de bactéries, virus et petits champignons (jusqu'à 37 Mb). Grâce à la combinaison avec les algorithmes et outils d'assemblage de lectures courtes optimisées, il est possible de réaliser des assemblages de novo.
Séquençage
- Illumina HiSeq 2000 lectures d'extrémités appariées pour séquençage backbone (couverture 80 x)
- Scaffolding & orientation des contigs par séquençage de vastes banques d'inserts de mate pair.
- Finishing ou comblement des trous par PCR sur clones de plasmide/fosmide suivi du séquençage Sanger sur ABI 3730xl
Bioinformatique
- Données brutes (fastq)
- Séquence de contigs assemblés (et soumis au scaffolding) (fasta)
- Rapport d'assemblage (txt)
- Métrique scaffolding
Grands génomes
De longues lectures de séquençage sont nécessaire pour résoudre les séquences répétitives des génomes importants et complexes et, donc, permettre un assemblage de haute qualité. De vastes banques d'inserts de mate pairs permettent de continuer à améliorer l'assemblage car elle garantissent la mise en ordre et l'orientation des contigs qui en résultent.
Séquençage
- Roche GS FLX+ I lectures simples pour séquençage backbone (couverture d'au moins 80x)
- Scaffolding & orientation des contigs par séquençage de vastes banques d'inserts de mate pair
- Amélioration de la qualité de la séquence et correction des homopolymères grâce aux données supplémentaires fournies par Illumina HiSeq 2000
- Finishing ou comblement des trous par PCR sur clones de plasmide/fosmide suivi du séquençage Sanger sur ABI 3730xl
Bioinformatique
- Données brutes (fasta et fastq)
- Flowgrams (sff)
- Assemblage GS FLX+ (ace) semi-automatique
- Séquence de contigs assemblés (et soumis au scaffolding) (fasta)
- Rapport d'assemblage (txt)
- Rapport de scaffolding (txt)
- Rapport de couverture des contigs assemblés (txt)
- Annotation
Focus
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NEW! Sequencing Service featuring PacBio RS
Next Generation Sequencing Seminar
Next Gen Specialists on side
Genomics & Transcriptomes
Analyses & Visualisation
On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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