SEPSIS Chip

Développement d’un chip de diagnostic ADN

Le but de ce projet est de mettre en place un procédé rapide et efficace de détection et détermination des germes pathogènes à l’origine de la septicémie à partir de matériel clinique reposant sur le dépistage immédiat de séquences d’acide nucléique spécifiques de l’organisme. Pour cela, un microarray d’ADN sera établi avec lequel si possible tous les pathogènes microbiens connus et entrant en ligne de compte, ainsi que les bactéries et les champignons pourront être dépistés avec une vitesse, une sensibilité et une spécificité encore jamais égalées. Contrairement à l’utilisation de procédés microbiens classiques qui supposent la culture laborieuse de germes pathogènes et sont toujours à la base du diagnostic dans le domaine clinique, le procédé décrit présente l’avantage de raccourcir considérablement le temps entre le prélèvement sur le patient et le diagnostic et, ainsi, d’augmenter considérablement le taux de survie des patients souffrant de septicémie.

Rôle de la GATC :

Les travaux effectués par la GATC Biotech se concentrent sur l’identification d’amorces appropriées se prêtant au multiplexe et de séquences sondes spécifiques de l’organisme. Cette identification permet de détecter et d’identifier de manière fiable des microorganismes pathogènes dans des échantillons cliniques. Pour mener cette tâche à bien, il est nécessaire de déterminer certaines régions génétiques dans les organismes en question et de les amplifier au moyen de paires d’amorces appropriées, ce qui permettra alors une identification fiable des pathogènes existants. Le nombre des paires d’amorces à utiliser en parallèle est cependant limité. On tentera donc de se concentrer sur les domaines génomiques qui, chez la plupart des pathogènes, surviennent en forte homologie. En outre, ces domaines doivent prendre en considération un critère supplémentaire, une classification possible des pathogènes basée sur les polymorphismes d’un nucléotide simple. Les travaux actuels portent sur l’identification de domaines homologues et des positions s’y trouvant sur lesquelles on trouve de telles différences. Au cours de prochaines étapes, ces séquences spécifiques de l’organisme seront extraites, puis utilisées pour la synthèse de sonde.