IPG

Plateforme intégrée phénotype-génotype (IPG) : Poursuite de l'étude de l'ontogenèse biotechnologique par identification de Metabolic Engineering Targets inconnues (cibles d'ingénierie métaboliques inconnues)

Le projet IPG vise à identifier les mutations et leurs schémas de combinaison nécessaires à un phénotype performant et pertinant au niveau industriel. Pour cela, dans le cadre de ce projet, des phénotypisations et génotypisations de producteurs mutagénisés de C. glutamicum L-Lysin seront réalisées sur des plateformes à haut débit automatisées au maximum. L'un des principaux objectifs de ce projet est le développement de la plateforme expérimentale IPG et de la software spécialisée pour l'analyse des données à la base. La diversité génétique nécessaire des souches à fabriquer et analyser dans le cadre du projet sera produite par mutagenèse et sélection.

Rôle de la GATC:

Les génomes de souches sélectionnées seront analysés au moyen de Technologies de séquençage de nouvelle génération. En outre, nous développerons de nouveaux protocoles standards pour la préparation des échantillons et le traitement subséquent des données brutes qui seront parfaitement intégrés dans la plateforme IPG décrite. Ces travaux englobent la définition et la mise en œuvre d'une évaluation de la qualité indépendante de la technologie concernant les données de séquençage génomiques et SNPs, ainsi que l'élaboration de nouvelles stratégies d'assemblage.