GATC introduit un système de codes à barres ADN multiplateforme pour le séquençage d’échantillons multiples sur le GS FLX de Roche et Genome Analyzer d'Illumina
10 | 02 | 08
La société GATC Biotech, l’un des principaux prestataires de services de séquençage d’ADN en Europe, a annoncé aujourd’hui qu’elle avait mis au point un système de codes à barres ADN exclusif, permettant un niveau supplémentaire de traitement en parallèle avec une augmentation virtuellement illimitée du nombre d’échantillons traités.
Contraitement à d’autres méthodes, le système du GATC peut parfaitement être utilisé sur le GS FLX de Roche et Genome Analyzer d'Illumina. Cette méthode de code à barres ADN convient particulièrement bien à un ADN plus petit que des génomes entiers (par ex. bibliothèques de cADN, séquençage de novo de BACs, fosmides, virus) dont le séquençage serait sinon peu pratique et cher. Cette technique est extrêmement efficace puisque le taux de réussite de marquage des séquences est de 99,9 % et, donc, des économies très importantes.
Les marqueurs sont des nucléotides placés sur les échantillons pendant la production de bibliothèques en aveugle et lues pendant le processus de séquençage Next-Gen. Après le séquençage, les échantillons seront triés selon leur marqueur. Le nouveau système sera également appliqué au système ABI SOLiD, récemment installé. Les marqueurs résistent très bien aux erreurs de séquençage provoquées par les homopolymères.
Thomas Pohl, chef de la direction de GATC Biotech, commente : "Nous étions conscients du fait qu’il nous fallait un système de code à barres ADN indépendant de la plateforme qui ne serait pas limité par le nombre de marqueurs utilisés. Nous avons optimisé la longueur des marqueurs de telle manière qu’ils soient suffisants pour un tri de séquences de haute qualité, mais rendent également la perte de données acceptable lorsque nous utilisons les séquenceurs Next-Gen qui produisent des micro lectures de 36 bases ou moins. De plus, ces séquenceurs constituent maintenant une alternative financièrement intéressante pour le séquençage de novo d’organelles par exemple tels que les chloroplastes ou le mtADN, car le nombre de micro lectures est relativement bas. Nous utilisons l’assembleur de génome SEQMan de DNASTAR pour l’assemblage."
Le système de codes à barres ADN est désormais disponible pour les clients du séquençage Next-Gen de GATC Biotech. Le système a déjà été appliqué avec succès aux projets de séquençage BAC avec 50 marqueurs individuels utilisant le GS FLX. En outre, en coopération avec le Prof. Dr. Christof von Kalle et le Dr. Manfred Schmidt du NCT (Centre National des Maladies Tumorales) de Heidelberg, GATC Biotech a utilisé le code à barres ADN pour améliorer l’efficacité de séquençage dans le projet communautaire en cours CONSERT. Le projet de recherche a été conçu pour développer et améliorer les protocoles de thérapie génique pour les maladies génétiques.
