Visualisation des données

Visualisation des données avec GATC Viewer, UCSC Genome Browser

 

Pour une visualisation explicite et claire des données, nous vous conseillons les outils bioinformatiques suivants :

 

  • GATC Viewer pour les données brutes d’ABI 3730 xl (séquençage Sanger) ;
  • Hawkeye pour les analyses d’assemblages et validations de génome ; également utile pour identifier et corriger les erreurs d’assemblage ;
  • EagleView : un outil de visualisation instructif pour les assemblages de génome, disponible pour  Windows, Linux und Mac ;
  • Windows Excel pour une meilleure visualisation des tableaux et la possibilité de rechercher les polymorphismes positionnels et les variations structurelles ;
  • UCSC Genome Browser pour visualiser les données GFF.

Scaffolding of sequencing projects with long insert Illumina reads

Scaffolding of sequencing projects with long insert GA II reads
 

 

 

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Horaires d'ouverture:
8H00 - 18H00 CET (Lun-Vend)

 

customerservice@gatc-biotech.com

Autres liens

 

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

Plus de logiciels pour le séquençage avec les technologies 454, Illumina et Sanger...

 

 

 

 

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