Alignement / Cartographie (mapping)

Alignements des données après comparaison avec des séquences de référence connues

 

Nous réalisons des alignements de vos données de séquençage également après comparaison avec des séquences de référence connues. La découverte de polymorphismes et variations structurelles est alors fréquemment primordiale. Les résultats de l’alignement des projets de reséquençage sont fournis en divers formats de données, d’une part en format texte, mais également en format ace et gff pour une possible visualisation. Pour des analyses de variations plus poussées, nous utilisons des outils bioinformatiques exclusifs. Vous recevez les résultats de ces analyses en format texte ou xls.

Méthode Format des données
Alignement / Cartographie fasta & qual et ace / gff
Analyse SNP gff & xls
Tableau InDel txt / xls

Contig Scaffolding using Illumina reads

 

 

 

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Autres liens

 

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

Plus de logiciels pour le séquençage avec les technologies 454, Illumina et Sanger...

 

 

 

 

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