
GATC offre la possibilité de combiner de manière optimale les avantages des différentes techniques de séquençage. Pour cela, nous avons recours à différents outils bioinformatiques pour l’assemblage et l’alignement qui sont ensuite reliés judicieusement en pipelines spécifiques au projet. En fonction des charactéristiques génomiques du génome à séquencer, nous veillons en particulier à sélectionner les outils de manière à pouvoir garantir un résultat d’analyse pertinent.
| Méthode | Format des donnéest |
|---|---|
| Assemblage de novo (contigs) | fasta & qual et ace |
| Assemblage hybride | fasta & qual et ace |
(D) +49 (0) 7531 81 60 68
(F) +33 (0) 4 91 82 84 88
(GB) +44 (0) 207 691 4921
(S) +46 (0) 8 655 3609
Horaires d'ouverture:
8H00 - 18H00 CET (Lun-Vend)
Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)
Plus de logiciels pour le séquençage avec les technologies 454, Illumina et Sanger...