Assemblage de novo / Assemblage hybride

Bioinformatiques spécifiques au projet

 

GATC offre la possibilité de combiner de manière optimale les avantages des différentes techniques de séquençage. Pour cela, nous avons recours à différents outils bioinformatiques pour l’assemblage et l’alignement qui sont ensuite reliés judicieusement en pipelines spécifiques au projet. En fonction des charactéristiques génomiques du génome à séquencer, nous veillons en particulier à sélectionner les outils de manière à pouvoir garantir un résultat d’analyse pertinent.

Méthode Format des donnéest
Assemblage de novo (contigs) fasta & qual et ace
Assemblage hybride fasta & qual et ace

Detection of incorrectly called homopolymers by use of Illumina reads

 

 

 

 

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8H00 - 18H00 CET (Lun-Vend)

 

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Autres liens

 

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

Plus de logiciels pour le séquençage avec les technologies 454, Illumina et Sanger...

 

 

 

 

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