GATC investiert in beide neuen Sequenziertechnologien von Illumina/Solexa und Roche Diagnostics
01 | 01 | 07
Als erster Sequenzierdienstleister in Europa hat GATC Biotech bekanntgegeben, sowohl einen Genome Sequencer FLX von Roche Diagnostics als auch einen 1G Genetic Analyzer von Illumina/Solexa zu kaufen. Die Geraete erhoehen die Sequenzierkapazitaet von GATC von derzeit 15,6 Gigabasen auf 130 Gigabasen pro Jahr und werden in den Konstanzer Laboren installiert. Durch diese Akquisition wird GATC als einziger Sequenzierdienstleister Europas Komplettloesungen im Hochdurchsatz anbieten koennen: von der Probenvorbereitung, ueber Ultra High Speed Sequenzierung bis hin zur Bioinformatik mittels DNASTAR’s SeqMan Pro(TM) Software fuer die Assemblierung großer Datenmengen sowie Integrated Genomics’ ERGO(TM) fuer die Genomannotation. Die Investition betraegt fast 1,3 Millionen Euro.
Durch die Integration dieser neuen Sequenziersysteme in die bestehende, auf der Sanger-Methode basierende Sequenzierplattform, ist GATC in Zukunft in der Lage, Sequenzierservices unter Verwendung aller drei fuehrenden Sequenziertechnologien anzubieten.
Die klassische, bei GATC schon seit 16 Jahren etablierte Sanger-Methode ist die bewaehrte Technologie fuer die Sequenzierung von Einzelproben. Sie wird auch in Zukunft ihren Stellenwert als Backbone-System fuer de novo und komparative Genomsequenzierung sowie fuer die Resequenzierung beibehalten. Der FLX Sequencer ist wegen seiner langen Leselaengen von 250 Basen pro Read bei 400.000 Reads pro Lauf optimal fuer in-depth-Analysen von ganzen Transkriptomen. Der 1G Genetic Analyzer wird fuer große Re-Sequenzierprojekte eingesetzt, da er große Datenmengen noch schneller und kostenguenstiger generieren kann. Dies ist insbesondere fuer die Resequenzierung von Produktionsstaemmen als auch fuer die Ultra Deep Sequenzierung zur Erkennung von sehr seltenen SNPs und Mutationen interessant.
Da die neuen Sequenziersysteme extrem große Rohdatenmengen produzieren, spielt die bioinformatische Datenanalyse eine wichtige Schluesselrolle. GATC besitzt hierfuer eine umfangreiche Bioinformatik-Plattform mit leistungsstarken Assemblierungs- und Annotationssystemen, um diesem zukuenftigen Bedarf gerecht zu werden. Zum Beispiel koennen mikrobielle Genome jetzt mit dem 1G Genetic Analyzer oder dem FLX Sequencer sequenziert und mittels DNASTAR’s SeqMan Pro(TM) assembliert werden. SeqMan Pro ist die einzige auf dem Markt verfuegbare Software, die Sanger-Sequenzdaten mit Daten aus neuen Sequenziersystemen assemblieren kann. Genome werden mit ERGO(TM), der leistungsstarken Genomanalyse-Suite von Integrated Genomics, annotiert.
Der Einsatz der neuen Sequenziersysteme wird zudem die Lieferzeiten drastisch senken. GATC geht davon aus dass die Produktion von Rohdaten bis zu 50 Megabasen, z.B. von Hefe- und Pilzgenomen, binnen weniger Tage erfolgt.
Peter Pohl, CEO der GATC Biotech: „In Oktober 2006 war GATC der erste Sequenzierdienstleister in Europa, der innerhalb von Kooperationen Sequenzierservices mit der 454-Technologie anbieten konnte. Diese Kooperationen hatten den Zweck, die neuen Sequenziertechnologien in Verbindung mit den notwendigen bioinformatischen Systemen zu evaluieren. Im Dezember waren wir erneut die ersten, die auf einem GS20(R)* produzierten Sequenzdaten eines Genoms an einen internationalen Konzern lieferten. Innerhalb unserer Kooperationen sammelten wir wertvolle Erfahrungen und profundes Wissen in Bezug auf die neuen Sequenziertechnologien. Wir haben uns dann entschieden in beide Systeme zu investieren, da ihre Kombination ein breit gefaechertes Service-Portfolio zulaesst. So koennen wir unsere Leistungen noch besser auf die Kundenbeduerfnisse maßschneidern. Zusaetzlich sind wir aufgrund unserer langjaehrigen Verbindung mit DNASTAR in der Lage, echte Komplettloesungen mit kurzen Lieferzeiten anzubieten. Theoretisch koennten wir ein menschliches Genom von 3 Gigabasen mit einfacher Coverage innerhalb von 10 Tagen fuer weniger als 75.000 Euro zu sequenzieren. Vor ein paar Jahren brauchte die Wissenschaft fuer ein Projekt dieser Groeße noch Jahre und Millionen von Euros.“
GATC wird bioinformatische Ergebnisse eines Genomprojekts, welches mit der Sanger und 454-Technologie sequenziert und mit SeqMan Pro(TM) assembliert wurde, auf der “ Plant and Animal Genome Conference XV“ in San Diego im Januar auf dem Stand von DNASTAR vorstellen.
