SEPSIS Chip
Entwicklung eines DNA-Diagnostikchips
Ziel des Projektes ist die Etablierung eines schnellen und effizienten Verfahrens zur Detektion und Bestimmung von Sepsis auslösenden pathogenen Keimen aus klinischem Material, welches auf dem direkten Nachweis organismen-spezifischer Nukleinsäuresequenzen beruht. Dazu soll ein DNA-Mikroarray etabliert werden, mit dem möglichst alle bekannten in Frage kommenden mikrobiellen Pathogene, sowohl Bakterien wie auch Pilze, mit bisher unerreichter Geschwindigkeit, Sensitivität und Spezifität nachgewiesen werden können. Gegenüber der Anwendung klassischer mikrobieller Verfahren, die von der zeitraubenden Kultivierung pathogener Keime ausgeht und noch immer die Diagnostik im klinischen Bereich dominieren, bietet das beschriebene Verfahren den Vorteil, die Zeit zwischen Probennahme vom Patienten bis zur Diagnose wesentlich zu verkürzen und somit die Überlebensrate der von Sepsis betroffenen Patienten wesentlich zu erhöhen.
GATC’s Aufgaben:
Die Arbeiten, die von der GATC Biotech durchgeführt werden, konzentrieren sich auf die Identifizierung geeigneter multiplexfähiger Primer und organismen-spezifischer Sondersequenzen. Mit ihrer Hilfe sollen zuverlässig pathogene Mikroorganismen in klinischen Proben detektierbar und identifizierbar gemacht werden. Um dieser Aufgabe gerecht zu werden, müssen genetische Regionen in den jeweiligen Organismen ermittelt und mit Hilfe geeigneter Primerpaare amplifiziert werden, anhand derer eine zuverlässige Identifizierung der vorhandenen Pathogenen erfolgen kann. Die Anzahl der parallel zu verwendenden Primerpaare ist dabei limitiert. Es wird daher versucht, sich auf genomische Bereiche zu konzentrieren, die in den meisten Pathogenen in hoher Homologie vorkommen. Weiterhin müssen diese Bereiche einem zusätzlichen Kriterium gerecht werden, einer möglichen Klassifizierung der Pathogene aufgrund vorliegender Einzelnukleotid-Polymorphismen. Aktuelle Arbeiten befassen sich mit der Identifizierung von homologen Bereichen und darin liegender Positionen, an denen sich ebensolche Unterschiede finden lassen. In weiteren Schritten werden dann diese organismus-spezifischen Sequenzen extrahiert und schließlich für die Sondensynthese herangezogen.
Teilnehmende Partner:
- Fraunhofer-Institut für Grenzflächen und Bioverfahrenstechnik, Stuttgart
- GATC Biotech, Konstanz
