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Transkriptom-Analyse von Einzelzellen und Metatranskriptomen
Basierend auf den Arbeiten und Ergebnissen des Projektes „IdentiGene“ soll eine Technologie-Plattform für die Genexpressionsanalyse entwickelt werden, die hinsichtlich Sensitivität, Möglichkeiten zur Einbindung in automatisierte Prozesse, sowie Standardisierung der resultierenden Daten neue Maßstäbe setzt. So soll es möglich werden, sowohl globale Genexpressionsprofile an Einzelzellen, als auch sogenannte Metatranskriptomanalysen an komplexen Systemen beliebiger eukaryontischer Organismen durchzuführen. Dazu sollen spezielle Verfahren zur Probenvorbereitung entwickelt werden, die aus biologischem Probenmaterial, das nur in geringsten Mengen vorliegt, ausreichende Analytmengen für die Untersuchungen amplifizieren können. Das so aufbereitete Probenmaterial soll anschließend mithilfe von so genannten Parallelsequenzierern der neusten Generation umfassend charakterisiert werden. Die so generierten Daten können in Folge zur Berechnung der qualitativen und quantitativen Expression aller Gene herangezogen werden. Die Verwendung von Parallelsequenzierern ermöglicht dabei ein höchstes Maß an Reproduzierbarkeit, welche Grundvoraussetzung für eine plattform- und laborübergreifende Vergleichbarkeit der quantitativen Daten ist. Darüber hinaus lassen sich Analysen basierend auf dieser Technologie hervorragend in automatisierte Prozesse integrieren.
GATC’s Aufgaben:
Im Rahmen dieses Projekts ist das Fraunhofer Institut als Projektpartner mit der Entwicklung geeigneter Protokolle für die Präparation von cDNA Banken aus kleinsten Analytmengen betraut. Die Banken sollen im Folgenden auf Sequenziersystemen der neuesten Generation (Next Generation) sequenziert werden. Die GATC unterstützt diesen Prozess, indem sie die Banken qualitativ bewertet und auf diese Weise den Optimierungsprozess der Protokolle unterstützt. Qualitativ gut bewertete Banken werden dann auf den unterschiedlichen Technologien sequenziert, die resultierenden Daten aufbereitet, validiert und miteinander korreliert.
Teilnehmende Partner:
- Fraunhofer-Institut für Grenzflächen und Bioverfahrenstechnik, Stuttgart
- Hölle & Hüttner AG, Tübingen
- GATC Biotech, Konstanz
