IPG

Integrierte Phänotyp-Genotyp Plattform (IPG): Weiterentwicklung der biotechnologischen Stammentwicklung durch Identifizierung unbekannter Metabolic Engineering Targets

Das IPG-Projekt befasst sich mit der Identifikation von Mutationen und deren Kombinationsmustern, die für einen industriell relevanten Hochleistungs-Phänotyp erforderlich sind. Dazu werden im Projekt auf maximal automatisierten Hochdurchsatzplattformen Phänotypisierungen und Genotypisierungen von mutagenisierten C. glutamicum L-Lysin Produzenten durchgeführt. Ein Hauptziel des Projekts ist die Entwicklung der experimentellen IPG-Plattform und der zugrundeliegenden spezialisierten Datenanalyse-Software. Die nötige genetische Diversität der im Rahmen des Projektes herzustellenden und zu analysierenden Stämme wird durch Mutagenese und Selektion erzeugt.

GATC’s Aufgabe:

Die Genome ausgewählter Stämme werden mittels Sequenziertechnologien der neuesten Generation analysiert. Zusätzlich werden wir neue Standardprotokolle für Probenaufbereitung und nachfolgende Rohdatenprozessierung entwickeln, die nahtlos in die beschriebene IPG-Plattform integriert werden. Diese Arbeiten umfassen die Definition und Implementierung einer technologieunabhängigen Qualitätsbewertung von genomischen Sequenzdaten und SNPs, sowie die Erarbeitung neuer Assemblierungsstrategien.