Transkriptomanalyse mit und ohne Referenz

Vom Gewebe zum Transkriptom

Die Hochdurchsatz-Sequenzierung von RNA ermöglicht es, komplette eukaryotische und prokaryotische Transkriptome auch ohne a priori Sequenzinformation zu analysieren. Durch Kombination unterschiedlicher Probenvorbereitungs- und Sequenzierprotokolle können verschiedene Fragestellungen gezielt untersucht und beantwortet werden, wie z.B. die Identifizierung von neuen und seltenen Transkripten, SNP-Detektion oder quantitative Expressionsanalysen. Machen Sie sich unsere langjährige Erfahrung und optimale Nutzung der modernsten Sequenziersysteme für Ihr wissenschaftliches Projekt zu Nutze.

De novo-Sequenzierung

= Roche GS FLX+ oder Pacific Biosciences PacBio RS | lange Reads für die de novo-Assemblierung und Analyse von full-length-Transkripten

+ optional: cDNA-Normalisierung zur Reduktion der Proben-Komplexität

+ projektspezifische Bioinformatik für jedes Budget: von den Rohdaten über die Assemblierung oder das Clustering bis hin zur Gen-Identifizierung mittels BLAST

Re-Sequenzierung

= Illumina HiSeq 2000 | Single oder paired end-Sequenzierung für SNP-Detektion und quantitative Expressionsanalysen

+ optional: Präparation von 3’- oder 5’-UTR cDNA-Libraries zur spezifischen Analyse der informationsreichen untranslatierten Bereiche und Erhöhung der Sequenziertiefe

+ projektspezifische Bioinformatik für jedes Budget: von den Rohdaten über das Alignment bis hin zur SNP-Analyse und Expressionslevel-Bestimmung