
Transkriptom- bzw. Expressionsanalysen dienen der Identifizierung genetischer Funktionen und physiologischer Signalwege und fördern damit das Verständnis der Rolle der Gene z.B. bei Wachstumsregulation, Differenzierung, Apoptose, Krebsentwicklung und Neurogenese. Der Einsatz von Microarrays ist derzeit die gängigste, jedoch auch limitierte Technik für Genexpressionsstudien, da sie z.B. lediglich bekannte und auf dem Array enthaltene RNA-Transkripte detektieren.
Der Einsatz der Next Generation Sequenziertechnologien erlaubt hingegen auch die Analyse ganzer Transkriptome mit und ohne Referenz:
Qualitative und quantitative Analyse eines Transkriptoms ohne Refernz
1. Erstellung einer normalisierten cDNA-Bank (evtl. von gepooltem Ausgangsmaterial; z.B.. verschiedenen Zuständen
2. Sequenzierung der cDNA mit dem GS FLX Titanium
3. Clustering der resultierenden Sequenzen
4. Blast der Clusterrepräsentanten gegen bekannte ESTs verwandter Organismen
5. Erstellung von UTR-Libraries aus RNA verschiedener Ausgangszustände
6. Sequenzierung der UTR- Libraries Genome Analyzer II (36bp Single-Read)
7. Zuordnung der Genome Analzyer II Reads zu den GS FLX Sequenzdaten zur Quantifizierung
(D) +49 (0) 7531 81 60 68
(F) +33 (0) 4 91 82 84 88
(GB) +44 (0) 207 691 4921
(S) +46 (0) 8 655 3609