Transkriptomanalyse mit und ohne Referenz
Qualitative und quantitative Analyse
Transkriptom- bzw. Expressionsanalysen dienen der Identifizierung genetischer Funktionen und physiologischer Signalwege und fördern damit das Verständnis der Rolle der Gene z.B. bei Wachstumsregulation, Differenzierung, Apoptose, Krebsentwicklung und Neurogenese. Der Einsatz von Microarrays ist derzeit die gängigste, jedoch auch limitierte Technik für Genexpressionsstudien, da sie z.B. lediglich bekannte und auf dem Array enthaltene RNA-Transkripte detektieren.
Der Einsatz der Next Generation Sequenziertechnologien erlaubt hingegen auch die Analyse ganzer Transkriptome mit und ohne Referenz:
- normalisiert, subtrahiert, prokaryotisch
- komplette Amplikons bzw. Exons
- Quantifizierung (Tag Profiling; 3'UTR, 5'UTR, SAGE, CAGE,...)
Projektbeispiel:
Qualitative und quantitative Analyse eines Transkriptoms ohne Refernz
Projektdesign und Ergebnisse:
1. Erstellung einer normalisierten cDNA-Bank (evtl. von gepooltem Ausgangsmaterial; z.B.. verschiedenen Zuständen
2. Sequenzierung der cDNA mit dem GS FLX Titanium
3. Clustering der resultierenden Sequenzen
4. Blast der Clusterrepräsentanten gegen bekannte ESTs verwandter Organismen
5. Erstellung von UTR-Libraries aus RNA verschiedener Ausgangszustände
6. Sequenzierung der UTR- Libraries Genome Analyzer II (36bp Single-Read)
7. Zuordnung der Genome Analzyer II Reads zu den GS FLX Sequenzdaten zur Quantifizierung
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