Sequenzierung kompletter Metagenome
Ihr Metagenomprojekt
Sequenzierung eines kompletten Metagenoms
Strategie
Sequenzierung mit Roche GS FLX+
Ausgangsmaterial
- genomische DNA
- ggf. vorhandene BAC- oder Fosmid-Banken
Sequenzierung
- Roche GS FLX+ (Titanium, Single Reads) mit 15x bis 20x Coverage
Bioinformatik
- Lieferung der Rohdaten (Dateiformat fasta, qual, sff)
- de novo Assemblierung (Einsatz der Tools projektabhängig, Dateiformat: ace)
- Clustering (Tabelle der Clusterverteilung, Grafik (Dateiformat fasta, xls, txt, png)
- BLAST-Analyse (Dateiformat xls, txt)
- Bioinformatische Statistiken (Verteilung der Contigs und Coverage im Dateiformat pdf or xls)
Spotlight
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NEW! Sequencing Service featuring PacBio RS
Next Generation Sequencing Seminar
Next Gen Specialists on side
Genomics & Transcriptomes
Analyses & Visualisation
On the path to a deep understanding of the organism, two parameters are important to the interpretation of the Next Gen sequencing data: The use of various Next Gen systems to take advantage of each technology and the combination of different bioinformatic tools and their stepwise application.
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