De novo-Sequenzierung eines unbekannten Organismus

Auf Ihre wissenschaftliche Fragestellung abgestimmte Strategien

Ihr Genomprojekt

Bestimmung der Genomsequenz eines unbekannten Organismus für die biologische oder medizinische Forschung, z. B. zur Identifizierung neuer Sequenzen und Gene sowie zur Charakterisierung des vorhandenen genetischen Potenzials.
 

Strategie

Je nach Projektziel, erwarteter Größe und Komplexität des Genoms können unterschiedliche Sequenzierungsstrategien zum Einsatz kommen. Von der Backbone-Sequenzierung mit einer Technologie bis zu Multiplattformansätzen, bei denen verschiedene Sequenziergeräte der nächsten Generation kombiniert werden. Erzielen Sie Ergebnisse höchster Qualität durch die Sequenzierung unterschiedlicher paired end- und mate pair-Libraries in Kombination mit neuesten, optimierten Bioinformatik-Tools.
 

Ausgangsmaterial

• Genomische DNA
• BAC- oder Fosmid-Banken (falls vorhanden)

Kleine Genome

Die hohe Daten-Qualität und die Möglichkeit, paired end- und mate pair-Libraries mit unterschiedlichen Insertgrößen zu kombinieren, machen den HiSeq 2000 zur idealen Technologie für die kostengünstige de novo-Sequenzierung kleinerer Genome, wie z. B. Bakterien, Viren und kleine Pilze. In Kombination mit optimierten Assemblierungsalgorithmen und –tools können erfolgreiche de novo-Assemblierungen kurzer Reads durchgeführt werden.
 

Sequenzierung

• Illumina HiSeq 2000 I Paired end-Reads für die Backbone-Sequenzierung (mindestens 80x Coverage)

• Scaffolding & Contig-Orientierung durch Sequenzierung von paired end-Libraries mit großen Inserts

• Finishing oder Gap Closure durch PCR auf Plasmid-/Fosmid-Klonen und anschließender Sanger-Sequenzierung auf dem ABI 3730xl

Bioinformatics

• Rohdaten (fastq)

• Sequenz assemblierter (und zu Scaffolds zusammengesetzter) Contigs (fasta)

• Report und Statistiken zu Assembly und Scaffolding (txt)

Große Genome

Für die Auflösung repetitiver Sequenzen in großen und komplexen Genomen werden lange Reads benötigt. Diese ermöglichen ein qualitativ hochwertiges Assembly, welches durch paired end-Sequenzierung von Libraries mit großen Inserts noch weiter verbessert werden kann. Mit Hilfe der paired end-Daten können die ermittelten Contigs dann sortiert und orientiert (gescaffoldet) werden.

Sequenzierung

• Roche GS FLX+ I Single Reads zur Backbone-Sequenzierung (10 – 15x Coverage)

• Scaffolding & Contig-Orientierung durch Sequenzierung von paired end-Libraries mit großen Inserts

• Verbesserung der Sequenzierdaten und Korrektur von Homopolymeren durch zusätzliche Sequenzierung auf dem Illumina HiSeq 2000

• Finishing oder Gap Closure durch PCR auf Plasmid-/Fosmid-Klonen und anschließender Sanger-Sequenzierung auf dem ABI 3730xl

Bioinformatik

• Rohdaten (fasta und fastq)

• Flowgrams (sff)

• Semiautomatisches GS FLX+ Assembly (ace)

• Sequenz assemblierter (und zu Scaffolds zusammengesetzter) Contigs (fasta)

• Report und Statistiken zu Assembly, Scaffolding und Coverage (txt)

• Annotation

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