Datenvisualisierung
Datenvisualisierung mit GATC Viewer, UCSC Genome Browser
Zur anschaulichen und übersichtlichen Datenvisualisierung empfehlen wir folgende Bioinformatik-Tools:
- GATC Viewer für Rohdaten aus ABI 3730 xl (Sanger-Sequenzierung)
- Hawkeye für Analysen von Genom-Assemblierungen und –Validierungen, u.a. auch hilfreich zur Identifizierung und Korrektur von Assemblierungsfehlern
- EagleView; ein aufschlußreiches Visualisierungstool für Genomassemblierungen und für Windows, Linux und Mac verfügbar.
- Windows Excel zur Veranschaulichung von Tabellen zur Suche nach positionellen Polymorphismen und struktureller Variationen
- UCSC Genome Browser zur Visualisierung von GFF Dateien
Scaffolding von Sequenzprojekten mit langen Insert Illumina Reads
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Nützliche Links
Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)
Noch mehr Software für Next-Gen Sequenzierung...
