Alignment / Mapping

Alignments gegen bekannte Referenzsequenzen

 

Wir führen Alignments Ihrer Sequenzierdaten auch gegen bekannte Referenzsequenzen durch. Dabei steht häufig die Aufdeckung von Polymorphismen und struktureller Variationen im Vordergrund. Die Ergebnisse des Alignments von sogenannten Resequenzierungsprojekten werden in unterschiedlichen Dateiformaten geliefert, einerseits in Textformat, aber auch für eine mögliche Visualiserung in ace und gff Format. Für weiterführende Variationsanalysen verwenden wir proprietäre bioinformatische Tools. Die Ergebnisse dieser Analysen erhalten Sie im txt- bzw. xls-Format. 

Methode Datenformat
Alignment /Mapping fasta & qual und ace / gff
SNP Analyse gff & xls
InDel Tabelle txt / xls

Contig Scaffolding mit Illumina Reads

 

 

 

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Nützliche Links

 

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

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