BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

In GenBank, GenPep und kundenspezifischen Datenbanken

 

BLAST-Analysen (Basic Local Alignment Search Tool ) werden nach erfolgtem Clustering oder der de novo Assemblierung für einzelne Cluster bzw. Contigs durchgeführt. Das Ergebnis ist eine Auflistung all jener Sequenzen, die Ähnlichkeiten mit der Ausgangssequenz aufweisen. Wir verwenden unterschiedliche Datenbanken je nach Fragestellung, z.B. GenBank, GenPep oder auch kundenspezfische Datenbanken. Die BLAST-Analyse wird in Tabellenform im xls und txt Dateiformat geliefert.

Assoziation von Cluster Representative Sequenzen mit genetischer Information

Assoziation von Cluster Representative Sequenzen mit genetischer Information
 

 

 

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Nützliche Links

 

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

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