
GATC bietet Ihnen die Möglichkeit, die Vorteile einzelner Sequenziertechnologien optimal zu kombinieren. Dabei werden unterschiedliche bioinformatische Tools zur Assemblierung und für das Alignment herangezogen und zu projektspezifischen Pipelines sinnvoll verknüpft. Insbesondere achten wir darauf - abhängig von der genomischen Charakteristik des zu sequenzierenden Genoms - die Tools gezielt so zu selektieren, dass Sie ein aussagekräftiges Analyseergebnis erhalten.
| Methode | Datenformat |
|---|---|
| de novo Assemblierung (Contigs) | fasta & qual und ace |
| Hybrid Assemblierung | fasta & qual und ace |
(D) +49 (0) 7531 81 60 68
(F) +33 (0) 4 91 82 84 88
(GB) +44 (0) 207 691 4921
(S) +46 (0) 8 655 3609
DNASTAR (Sequenzanalyse, Genexpressionsanalyse, Datenvisualisierung)
Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)
Noch mehr Software für Next-Gen Sequenzierung...