De novo assembly / Hybrid assembly

Projektspezifische Verknüpfung bioinformatischer Tools

 

GATC bietet Ihnen die Möglichkeit, die Vorteile einzelner Sequenziertechnologien optimal zu kombinieren. Dabei werden unterschiedliche bioinformatische Tools zur Assemblierung und für das Alignment herangezogen und zu projektspezifischen Pipelines sinnvoll verknüpft. Insbesondere achten wir darauf - abhängig von der genomischen Charakteristik des zu sequenzierenden Genoms -  die Tools gezielt so zu selektieren, dass Sie ein aussagekräftiges Analyseergebnis erhalten.

Methode Datenformat
de novo Assemblierung (Contigs) fasta & qual und ace
Hybrid Assemblierung fasta & qual und ace

Detektion inkorrekt dargestellter Homopolymere durch Verwendung von GA II Reads

 

 

 

 

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Nützliche Links

 

DNASTAR (Sequenzanalyse, Genexpressionsanalyse, Datenvisualisierung)

Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)

 

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