SeqMan NGen v2.0
Next Generation Sequenzassemblierung and -analyse
SeqMan NGen v2.0- Software für Next Generation Sequenzassemblierung von Illumina, Roche 454 Life Sciences, ABI SOLiD und Helicos-Daten
SeqMan NGen ist ein Next Generation Sequenzassemblierer, der die Leistungsfähigkeit von 64-Bit Computern und unbeschränktem RAM für die Sequenzassemblierung nutzt. Es zeichnet sich aus in der Template- und De Novo-Assemblierung von Einzel- und Paired-End-Sequenzdaten, sowohl von Sanger- und Roche 454 Life Sciences-Daten, wie auch von Short-Read-Illumina-, SOLiD- und Helicos-Daten.
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Nützliche Links
DNASTAR (Sequenzanalyse, Genexpressionsanalyse, Datenvisualisierung)
Roche GS De Novo Assembler (454 Life Science / Roche)
MIRA (Mimicking Intelligent Read Assembly, Bastien Chevreux)
Velvet (EMBL-EBI, Cambridge, UK)
Edena (Exact De Novo Assembler)
ELAND (Efficient Large-Scale Alignment of Nucleotide Databases)
Mosaik (Reference guided aligner/assembler)
MAQ (Mapping and Assembly with Qualities)
SOAP (Short Oligonucleotide Alignment Program)
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